PDB-1nxt: MicArec pH 4.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nxt

タイトル

MicArec pH 4.0

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / doubly wound 5 alpha / 5 beta fold

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD Xenon/Sulphur / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the response regulator 02 receiver domain, the essential YycF two-component system of Streptococcus pneumoniae in both complexed and native states.
著者: Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.

履歴

登録	2003年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nxt.cif.gz	32.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nxt.ent.gz	25.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nxt_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nxt_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	1nxt_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	1nxt_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nxoC 1nxpC 1nxwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a9r-1 1nxv-1 1nxx-1 1nxo-1 1nxp-1 1rgh-d 1kzb-d 1h4x-d 4uso-1 1gmq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.673, 92.829, 36.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

he second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: X, -y, -z

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator 分子量: 13680.710 Da / 分子数: 1 / 断片: MicA receiver Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: Pet33B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S1K0
#2: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 40%v/v PEG 300, 100mM Phosphate Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	25 mM	Tris-HCl	1	drop
2	300 mM		1	drop	pH7.5	NaCl
3	10 mg/ml	protein	1	drop
4	30 %(v/v)	PEG300	1	reservoir
5	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.8 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月29日
放射	モノクロメーター: 1.8 / プロトコル: SAD using Sulphur and Xenon / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→30.86 Å / Num. obs: 5398 / % possible obs: 98.96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 39.55 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.342→2.402 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / R_sym value: 0.116 / % possible all: 97.3
反射	PLUS Num. measured all: 110950 / R_merge(I) obs*: 0.052
反射シェル	PLUS R_merge(I) obs*: 0.116

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法: SAD Xenon/Sulphur / 解像度: 2.34→30.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 11.526 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23556	579	9.7 %	RANDOM
R_work	0.2141	-	-	-
obs	0.21614	5398	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→30.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	922	0	1	30	953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	921
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	2.013	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.788	3	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.476	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.11	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.331	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.058	1.5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.972	2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.928	3	346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.368	4.5	308

LS精密化シェル

解像度: 2.342→2.402 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.247	41
R_work	0.301	357

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 64.7686 Å / Origin y: 57.3347 Å / Origin z: 5.4721 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0151 Å²	0.0112 Å²	-0.0047 Å²	-	0.0109 Å²	-0.0006 Å²	-	-	0.0047 Å²
L	0.3313 °²	-0.2105 °²	-0.059 °²	-	1.0424 °²	0.2223 °²	-	-	0.1837 °²
S	-0.006 Å °	0.0129 Å °	0.0078 Å °	0.032 Å °	0.0128 Å °	-0.0424 Å °	0.0015 Å °	-0.0309 Å °	-0.0067 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 24	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 44	25 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	45 - 54	45 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	59 - 70	59 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	71 - 94	71 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	95 - 119	95 - 119

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2376 / R_factor R_work: 0.1899

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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