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- PDB-1nxw: MicArec pH 5.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxw
タイトルMicArec pH 5.1
要素DNA-binding response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / doubly wound 5 alpha - 5 beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Transcriptional regulatory protein WalR
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the response regulator 02 receiver domain, the essential YycF two-component system of Streptococcus pneumoniae in both complexed and native states.
著者: Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.
履歴
登録2003年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6612
ポリマ－13,6011
非ポリマー601
水1,00956
1
A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子

A: DNA-binding response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3224
ポリマ－27,2012
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.353, 92.622, 36.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-154-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator


分子量: 13600.730 Da / 分子数: 1 / 断片: MicA Receiver Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: pET33b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9S1K0
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: PEG 300, Sodium acetate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris-HCl1drop
2300 mM1droppH7.5NaCl
310 mg/mlprotein1drop
430 %(v/v)PEG3001reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.024 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→28.87 Å / Num. obs: 10522 / % possible obs: 99.04 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 28.02 Å2
反射 シェル解像度: 1.919→1.969 Å / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 345059 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NXT

1nxt


解像度: 1.92→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.686 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22382 1018 9.7 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.18839 9519 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.61 Å20 Å20 Å2
2---2.21 Å20 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 4 56 995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.662.0021265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90232129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1415117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.21054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4980.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0041.5591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8792957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7973350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8754.5308
LS精密化 シェル解像度: 1.919→1.969 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.193 60
Rwork0.225 656
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 63.549 Å / Origin y: 10.873 Å / Origin z: 5.444 Å
111213212223313233
T0.0343 Å20.0359 Å2-0.0212 Å2-0.044 Å2-0.0029 Å2--0.0699 Å2
L0.7285 °2-0.7438 °2-0.3426 °2-2.3785 °20.4417 °2--0.7544 °2
S-0.053 Å °-0.0287 Å °0.0214 Å °0.1002 Å °0.0472 Å °-0.0081 Å °0.039 Å °-0.0457 Å °0.0058 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 242 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1AA25 - 4425 - 44
3X-RAY DIFFRACTION1AA45 - 5445 - 54
4X-RAY DIFFRACTION1AA58 - 7058 - 70
5X-RAY DIFFRACTION1AA71 - 9471 - 94
6X-RAY DIFFRACTION1AA95 - 11995 - 119
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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