PDB-1nxp: MicArec pH4.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nxp

タイトル

MicArec pH4.5

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Doubly wound 5 alpha - 5 beta chain

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the response regulator 02 receiver domain, the essential YycF two-component system of Streptococcus pneumoniae in both complexed and native states.
著者: Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A.

履歴

登録	2003年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nxp.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nxp.ent.gz	46.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nxoC 1nxtSC 1nxwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a9r-1 1nxo-1 1nxv-1 1nxx-1 1nxt-1 1rdl-d 1kzb-d 1lni-d 4it6-d 1h4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.395, 92.694, 36.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator 分子量: 13600.730 Da / 分子数: 1 / 断片: MicA receiver domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: pET33b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9S1K0
#2: 化合物	ChemComp-PHS / PHOSPHONIC ACID / ホスホン酸分子量: 81.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₃P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.24 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 300, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	25 mM	Tris-HCl	1	drop
2	300 mM		1	drop	pH7.5	NaCl
3	10 mg/ml	protein	1	drop
4	30 %(v/v)	PEG300	1	reservoir
5	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→31.47 Å / Num. obs: 11155 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 26.21 Å²
反射シェル	解像度: 1.82→1.867 Å / % possible all: 97
反射	PLUS Num. measured all: 199669 / R_merge(I) obs*: 0.072
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.3 % / R_merge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs*: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NXT

1nxt

解像度: 1.82→31.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.251 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23043	1226	9.9 %	RANDOM
R_work	0.17867	-	-	-
obs	0.18373	11155	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→31.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	935	0	4	71	1010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	928
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.217	3	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.08	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.223	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.283	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.297	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.375	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.587	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.778	1.5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.788	2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.161	3	340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.407	4.5	298

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.299	90
R_work	0.227	804

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 54.572 Å / Origin y: 35.377 Å / Origin z: 5.566 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0163 Å²	0.045 Å²	0.0182 Å²	-	0.1432 Å²	0.0025 Å²	-	-	0.1442 Å²
L	0.4869 °²	-0.459 °²	0.1283 °²	-	2.1165 °²	-0.3389 °²	-	-	0.452 °²
S	-0.0313 Å °	-0.0188 Å °	-0.0282 Å °	0.0901 Å °	0.0344 Å °	0.035 Å °	-0.0506 Å °	0.0329 Å °	-0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 24	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 44	25 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	45 - 54	45 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	58 - 70	58 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	71 - 94	71 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	95 - 119	95 - 119

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2304 / R_factor R_work: 0.1787

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.283 / R_factor R_work: 0.224

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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