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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nxp | ||||||
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タイトル | MicArec pH4.5 | ||||||
要素 | DNA-binding response regulator | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Doubly wound 5 alpha - 5 beta chain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the response regulator 02 receiver domain, the essential YycF two-component system of Streptococcus pneumoniae in both complexed and native states. 著者: Bent, C.J. / Isaacs, N.W. / Mitchell, T.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nxp.cif.gz | 62 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nxp.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nxp_validation.pdf.gz | 436 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nxp_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nxp_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nxp_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13600.730 Da / 分子数: 1 / 断片: MicA receiver domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / プラスミド: pET33b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9S1K0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PHS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 300, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→31.47 Å / Num. obs: 11155 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 26.21 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.867 Å / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 199669 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NXT 解像度: 1.82→31.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.251 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→31.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 54.572 Å / Origin y: 35.377 Å / Origin z: 5.566 Å
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2304 / Rfactor Rwork: 0.1787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.224 |