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- PDB-1nwq: CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPALPHA-DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nwq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPALPHA-DNA COMPLEX
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*T)-3'
  • CCAAT/enhancer binding protein alpha
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / BASIC LEUCINE ZIPPER / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / response to vitamin B2 / CHOP-C/EBP complex / HMG box domain binding / Rb-E2F complex / response to phenylpropanoid / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / granulocyte differentiation ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / response to vitamin B2 / CHOP-C/EBP complex / HMG box domain binding / Rb-E2F complex / response to phenylpropanoid / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / granulocyte differentiation / urea cycle / myeloid cell differentiation / positive regulation of macrophage activation / osteoblast development / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / interleukin-6-mediated signaling pathway / cellular response to lithium ion / response to dexamethasone / fat cell differentiation / lipid homeostasis / transcription by RNA polymerase I / inner ear development / transcription factor binding / macrophage differentiation / cellular response to organic cyclic compound / negative regulation of cell cycle / white fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of fat cell differentiation / animal organ regeneration / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / cell maturation / Notch signaling pathway / cholesterol metabolic process / mitochondrion organization / response to nutrient / liver development / acute-phase response / lung development / memory / kinase binding / nuclear matrix / histone deacetylase binding / positive regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Miller, M. / Shuman, J.D. / Sebastian, T. / Dauter, Z. / Johnson, P.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for DNA Recognition by the Basic Region Leucine Zipper Transcription Factor CCAAT/enhancer Binding Protein Alpha
著者: Miller, M. / Shuman, J.D. / Sebastian, T. / Dauter, Z. / Johnson, P.F.
履歴
登録2003年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*A)-3'
A: CCAAT/enhancer binding protein alpha
C: CCAAT/enhancer binding protein alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7414
ポリマ－27,7414
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.892, 53.089, 67.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*T)-3'


分子量: 6364.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*A)-3'


分子量: 6520.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 CCAAT/enhancer binding protein alpha / C/EBP alpha / Transcription Factor C/EBPalpha


分子量: 7428.297 Da / 分子数: 2 / Fragment: BASIC REGION, LEUCINE ZIPPER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CEBPA / プラスミド: PT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05554
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: NACL, MGCL2, PEG 400, MES, GLYCEROL, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.75 mMprotein1drop
20.5 mMDNA1drop
350 mM1dropNaCl
4100 mMMES1droppH5.7
5100 mMMES1reservoirpH5.7
6100 mM1reservoirNaCl
730 mM1reservoirMgCl2
818 %PEG4001reservoir
910 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 12416 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 78.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 222356
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 91.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DH3

1dh3


解像度: 2.8→38.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1483361.25 / Data cutoff high rms absF: 1483361.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 630 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 12415 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0305 Å2 / ksol: 0.25376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.1 Å20 Å20 Å2
2--43.07 Å20 Å2
3----21.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 855 0 34 1909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.753
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.724
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.844
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.057.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 93 6.5 %
Rwork0.416 1331 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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