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- PDB-1nvo: Solution structure of a four-helix bundle model, apo-DF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nvo
タイトルSolution structure of a four-helix bundle model, apo-DF1
要素Homodimeric Alpha2 Four-Helix Bundle
キーワードUNKNOWN FUNCTION / De Novo Protein Design / Alpha-Helical Bundle / Diiron Protein Model
機能・相同性Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization
データ登録者Maglio, O. / Nastri, F. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Preorganization of molecular binding sites in designed diiron proteins
著者: Maglio, O. / Nastri, F. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Retrostructural Analysis of Metalloproteins. Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins
著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F.
#2: ジャーナル: CURR.OPIN.STRUCT.BIOL. / 年: 1999
タイトル: Tertiary Templates for the Design of Diiron Protein
著者: Summa, C.M. / Lombardi, A. / Lewis, M. / DeGrado, W.F.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix Bundle: a Substrate-Accessible Carboxylate-Bridged Dinuclear Metal Center
著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A.
#4: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2003
タイトル: Sliding Helix and Change of Coordination Geometry in a Model di-Mn(II) Protein
著者: DeGrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L.
履歴
登録2003年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homodimeric Alpha2 Four-Helix Bundle
B: Homodimeric Alpha2 Four-Helix Bundle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7422
ポリマ－11,7422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 40structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Homodimeric Alpha2 Four-Helix Bundle


分子量: 5870.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM protein concentration; 90% H2O, 10% DMSO / 溶媒系: 90% H2O, 10% DMSO
試料状態pH: 4 / 圧: Ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio et al.解析
DYANA1.5Guentert et al.構造決定
Amber7Case et al.精密化
精密化手法: Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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