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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nvo | ||||||
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タイトル | Solution structure of a four-helix bundle model, apo-DF1 | ||||||
![]() | Homodimeric Alpha2 Four-Helix Bundle | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / De Novo Protein Design / Alpha-Helical Bundle / Diiron Protein Model | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization | ||||||
![]() | Maglio, O. / Nastri, F. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Preorganization of molecular binding sites in designed diiron proteins 著者: Maglio, O. / Nastri, F. / Pavone, V. / Lombardi, A. / DeGrado, W.F. #1: ![]() タイトル: Retrostructural Analysis of Metalloproteins. Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins 著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. #2: ![]() タイトル: Tertiary Templates for the Design of Diiron Protein 著者: Summa, C.M. / Lombardi, A. / Lewis, M. / DeGrado, W.F. #3: ![]() タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix Bundle: a Substrate-Accessible Carboxylate-Bridged Dinuclear Metal Center 著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / DeGrado, W.F. / Lombardi, A. #4: ![]() タイトル: Sliding Helix and Change of Coordination Geometry in a Model di-Mn(II) Protein 著者: DeGrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 464.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 539.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5870.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.0 mM protein concentration; 90% H2O, 10% DMSO / 溶媒系: 90% H2O, 10% DMSO |
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試料状態 | pH: 4.0 / 圧: Ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion Angle Dynamics, Simulated Annealing, Energy Restrained Minimization ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 14 |