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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ns9 | ||||||
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タイトル | The 1.6A Structure of Horse Methemoglobin at pH 7.1 | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / aquomet hemoglobin / globin fold / bisimidazole at low pH / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: A pH-Dependent Aquomet-to-Hemichrome Transition in Crystalline Horse Methemoglobin 著者: Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A. #1: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1947 タイトル: An X-Ray Study of Horse Methaemoglobin. I 著者: Boyes-Watson, J. / Davidson, E. / Perutz, M.F. #2: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1954 タイトル: The Structure of Haemoglobin. III. Direct Determination of the Molecular Transform 著者: Perutz, M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ns9.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ns9.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ns9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ns9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ns9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ns9_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ns9_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1ns9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/1ns9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly (tetramer) is generated from the dimer in the asymetric unit bu the operation: -x, y, -z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 7.1 Aquomet structure / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 断片: beta subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 7.1 Aquomet structure / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.35 M ammonium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 42596 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.59 Å / Num. obs: 42686 / Num. measured all: 186644 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.59 Å / 最低解像度: 1.71 Å / % possible obs: 75.5 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / SU B: 3.489 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.954 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.59 Å / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.59 Å / 最低解像度: 1.71 Å |