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- PDB-1ns9: The 1.6A Structure of Horse Methemoglobin at pH 7.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ns9
タイトルThe 1.6A Structure of Horse Methemoglobin at pH 7.1
要素
  • Hemoglobin alpha subunit
  • Hemoglobin beta subunit
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / aquomet hemoglobin / globin fold / bisimidazole at low pH / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: A pH-Dependent Aquomet-to-Hemichrome Transition in Crystalline Horse Methemoglobin
著者: Robinson, V.L. / Smith, B.B. / Arnone, A.
#1: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1947
タイトル: An X-Ray Study of Horse Methaemoglobin. I
著者: Boyes-Watson, J. / Davidson, E. / Perutz, M.F.
#2: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1954
タイトル: The Structure of Haemoglobin. III. Direct Determination of the Molecular Transform
著者: Perutz, M.F.
履歴
登録2003年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha subunit
B: Hemoglobin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4044
ポリマ－31,1712
非ポリマー1,2332
水1,62190
1
A: Hemoglobin alpha subunit
B: Hemoglobin beta subunit
ヘテロ分子

A: Hemoglobin alpha subunit
B: Hemoglobin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8078
ポリマ－62,3414
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.400, 63.200, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.90, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly (tetramer) is generated from the dimer in the asymetric unit bu the operation: -x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin alpha subunit


分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 7.1 Aquomet structure / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 Hemoglobin beta subunit


分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 断片: beta subunit / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pH 7.1 Aquomet structure / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.35 M ammonium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 %horse methemoglobin11
21.5 Mammonium sulfate11
30.35 Mammonium phosphate11pH7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 42596 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射
*PLUS
最高解像度: 1.59 Å / Num. obs: 42686 / Num. measured all: 186644
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.59 Å / 最低解像度: 1.71 Å / % possible obs: 75.5 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SDMSデータ削減
CNS精密化
SDMSデータ収集
SDMSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / SU B: 3.489 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 4200 10 %random
Rwork0.17992 ---
all0.17996 ---
obs0.17992 42596 93.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20.9 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 86 90 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1682.063225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6934862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0963285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.48615385
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.3536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.31870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.567
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.3460.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.51432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53822265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3413950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8634.5960
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.297 1960
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.59 Å / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.19
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.59 Å / 最低解像度: 1.71 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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