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万見
- PDB-1nof: THE FIRST CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A XYLANASE FROM GLYCOSYL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nof
タイトルTHE FIRST CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A XYLANASE FROM GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5: IMPLICATIONS FOR CATALYSIS
要素xylanase
キーワードHYDROLASE / XYLANASE / GLYCOHYDROLASE FAMILY 5 / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE / CATALYTIC DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A. / Barba De La Rosa, A.P. / Keen, N.T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: First crystallographic structure of a xylanase from glycoside hydrolase family 5: implications for catalysis.
著者: Larson, S.B. / Day, J. / Barba de la Rosa, A.P. / Keen, N.T. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization of Xylanase from Erwinia chrysanthemi: Influence of Heat and Polymeric Substrate
著者: Barba De La Rosa, A.P. / Day, J. / Larson, S.B. / Keen, N.T. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 1996
タイトル: Cloning and Characterization of a Xylanase Gene from Corn Strains of Erwinia chrysanthemi
著者: Keen, N.T. / Boyd, C. / Henrissat, B.
履歴
登録2003年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1312
ポリマ－42,0721
非ポリマー591
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.368, 49.580, 91.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 xylanase


分子量: 42072.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 遺伝子: xynA / プラスミド: pNTK136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q46961, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE WATER MOLECULES HAVE BEEN NUMBERED TO REFLECT THEIR STATE 1001-1292 FIRST HYDRATION SHELL, FULL ...THE WATER MOLECULES HAVE BEEN NUMBERED TO REFLECT THEIR STATE 1001-1292 FIRST HYDRATION SHELL, FULL OCCUPANCY 2001-2048 FIRST HYDRATION SHELL, HALF OCCUPANCY 3001-4503 FIRST HYDRATION SHELL, DISORDERED (CONFLICT WITH DISORDERED PROTEIN OR WATER) 5001-5028 SECOND HYDRATION SHELL, FULL OCCUPANCY 6001-6060 SECOND HYDRATION SHELL, HALF OCCUPANCY 7001-7502 SECOND HYDRATION SHELL, DISORDERED (CONFLICT WITH OTHER WATER)
配列の詳細THE ENZYME USED IN THIS CRYSTALLOGRAPHIC STUDY IS A CLONE PRODUCT EXPRESSED IN E. COLI. UPON ...THE ENZYME USED IN THIS CRYSTALLOGRAPHIC STUDY IS A CLONE PRODUCT EXPRESSED IN E. COLI. UPON SECRETION FROM THE BACTERIAL PERIPLASM, THE FIRST 30 RESIDUES ARE CLEAVED FROM THE ENZYME. THUS, THE MODEL CONTAINS ONLY RESIDUES 31 THROUGH 413.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
結晶化
*PLUS
詳細: Keen, N.T., (1996) Mol. Plant-Microbe Interact., 9, 651.

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月1日
放射モノクロメーター: SUPPER GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→44.57 Å / Num. all: 58915 / Num. obs: 58915 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.51 % / Biso Wilson estimate: 12.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 1.42→1.52 Å / 冗長度: 1.91 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / Num. unique all: 8061 / % possible all: 55.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 206521 / Rmerge(I) obs: 0.0656
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHASES位相決定
X-PLOR3.851モデル構築
SHELXL-97精密化
SDMSDETECTOR SYSTEMデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLORV. 3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.42→50 Å / Num. parameters: 30307 / Num. restraintsaints: 37937 / 交差検証法: FREE R THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 5972 10.1 %RANDOM
Rwork0.102 ---
all0.108 58915 --
obs0.108 58915 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å / Luzzati d res low obs: 2 Å / Num. disordered residues: 28 / Occupancy sum hydrogen: 2893.99 / Occupancy sum non hydrogen: 3389.15
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2963 0 4 522 3489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.136
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 9999 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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