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- PDB-1nh2: Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nh2
タイトルCrystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex
要素
  • (Transcription initiation factor ...) x 4
  • 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*TP*AP*(5IU)P*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*AP*AP*AP*C)-3'
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor IIA gamma subunit, alpha-helical domain / TATA box binding Protein, subunit D; domain 2 / Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain / Helix Hairpins - #100 / TATA-Binding Protein / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain ...Transcription factor IIA gamma subunit, alpha-helical domain / TATA box binding Protein, subunit D; domain 2 / Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain / Helix Hairpins - #100 / TATA-Binding Protein / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Helix Hairpins / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor IIA large subunit / Transcription initiation factor IIA subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bleichenbacher, M. / Tan, S. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Novel interactions between the components of human and yeast TFIIA/TBP/DNA complexes.
著者: Bleichenbacher, M. / Tan, S. / Richmond, T.J.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*TP*GP*TP*AP*(5IU)P*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*AP*AP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*A)-3'
A: Transcription initiation factor TFIID
B: Transcription initiation factor IIA large chain
C: Transcription initiation factor IIA large chain
D: Transcription initiation factor IIA small chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5296
ポリマ－58,5296
非ポリマー00
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.010, 92.020, 117.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*AP*(5IU)P*GP*TP*AP*TP*AP*(5IU)P*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 5143.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*CP*A)-3'


分子量: 4871.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID / YTBP / TATA-box factor / TATA sequence-binding protein / TBP / Transcription factor D


分子量: 20120.754 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL 180 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPT15 OR BTF1 OR YER148W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393
#4: タンパク質 Transcription initiation factor IIA large chain / TFIIA 32 kDa subunit


分子量: 6135.750 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL 54 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOA1 OR YOR194C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32773
#5: タンパク質 Transcription initiation factor IIA large chain / TFIIA 32 kDa subunit


分子量: 8915.654 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL 77 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOA1 OR YOR194C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32774, UniProt: P32773*PLUS
#6: タンパク質 Transcription initiation factor IIA small chain / TFIIA 13.5 kDa subunit


分子量: 13341.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOA2 OR YKL058W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32773, UniProt: P32774*PLUS

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非ポリマー , 1種, 477分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
22 mMBis-Tris1droppH7.0
320 mM1dropKCl
40.1 mMEDTA1drop
50.5 mMdithiothreitol1drop
60.01 %(w/v)1dropNaN3
750 mMbis-Tris1reservoirpH6.5
8100 mM1reservoirLiNO3
910 mM1reservoirCaCl2
101 mMdithiothreitol1reservoir
1112 %(w/v)PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 217906 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 48353 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.5 % / Num. measured all: 217906 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.94 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.147

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 4843 10 %RANDOM, EXPANDED FROM 1YTF
Rwork0.201 ---
all0.204 ---
obs0.201 48353 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76.6007 Å2 / ksol: 0.460095 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.74 Å20 Å20 Å2
2---5.1 Å20 Å2
3----0.64 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.23 Å / Luzzati sigma a free: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 650 0 477 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.963
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 613 9.9 %
Rwork0.198 5580 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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