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万見
- PDB-5hzi: Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C45... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzi
タイトルCrystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain
要素Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Photoswitch / Chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / blue light photoreceptor activity / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / blue light photoreceptor activity / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / clathrin-coated pit / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / recycling endosome / intracellular protein localization / nuclear envelope / protein transport / G alpha (12/13) signalling events / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / intracellular signal transduction / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Beta-Lactamase / PAS domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PAS repeat profile. / Pleckstrin homology domain / PAS domain / SH3 domain / PAS domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase / Intersectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Avena sativa (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Dagliyan, O. / Chu, P.H. / Shirvanyants, D. / Dokholyan, N.V. / Hahn, K.M. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Engineering extrinsic disorder to control protein activity in living cells.
著者: Dagliyan, O. / Tarnawski, M. / Chu, P.H. / Shirvanyants, D. / Schlichting, I. / Dokholyan, N.V. / Hahn, K.M.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
B: Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5314
ポリマ－116,6182
非ポリマー9132
水77543
1
A: Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7662
ポリマ－58,3091
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7662
ポリマ－58,3091
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.060, 111.530, 88.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Intersectin-1,NPH1-1,Intersectin-1 / SH3 domain-containing protein 1A / SH3P17


分子量: 58309.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Avena sativa (エンバク)
遺伝子: ITSN1, ITSN, SH3D1A, NPH1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15811, UniProt: O49003
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36823 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KI1, 2WKQ

1ki1

2wkq


解像度: 2.6→47.153 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 34.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 1841 5 %
Rwork0.2379 --
obs0.2403 36785 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7782 0 62 43 7887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5110780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6333102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.67030.42061400.33692647X-RAY DIFFRACTION99
2.6703-2.74890.35041390.31172658X-RAY DIFFRACTION99
2.7489-2.83760.40841420.30322695X-RAY DIFFRACTION99
2.8376-2.9390.31761410.2862661X-RAY DIFFRACTION99
2.939-3.05670.37071410.29382671X-RAY DIFFRACTION99
3.0567-3.19580.37311400.30052677X-RAY DIFFRACTION99
3.1958-3.36420.32861420.27692688X-RAY DIFFRACTION100
3.3642-3.57490.32981410.27792673X-RAY DIFFRACTION99
3.5749-3.85080.2831420.25372704X-RAY DIFFRACTION99
3.8508-4.23810.23691410.2272679X-RAY DIFFRACTION100
4.2381-4.85090.24321440.19222731X-RAY DIFFRACTION100
4.8509-6.10950.25751420.21972705X-RAY DIFFRACTION100
6.1095-47.1610.23791460.18392755X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16970.66980.74281.39370.93392.2702-0.19720.168-0.06110.08920.1039-0.0415-0.27780.0864-0.06330.3129-0.0744-0.00630.13760.01290.333516.21729.402616.9638
20.4697-0.1868-1.25790.1640.49233.2309-0.00640.2345-0.0663-0.1342-0.20820.158-0.0645-0.3504-0.00020.3944-0.0418-0.0270.5231-0.1130.48844.511119.917-17.9722
32.8590.904-0.68081.4338-0.31031.3643-0.1438-0.09040.1071-0.04670.03570.06550.11320.0775-0.00280.23660.0568-0.01340.1720.01530.288514.8457-8.773-18.1239
41.0024-0.08620.58080.4367-0.222.25550.09790.32440.1988-0.2823-0.146-0.0715-0.22390.00870.00020.61330.05770.05240.50310.07020.454926.59030.0734-52.7122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1231:1505)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1506:1722)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1231:1502)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1503:1722)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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