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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nf0 | ||||||
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タイトル | Triosephosphate Isomerase in Complex with DHAP | ||||||
要素 | triosephosphate isomeraseトリオースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / yeast (酵母) / triosephosphate isomerase (トリオースリン酸イソメラーゼ) / DHAP / dihydroxyacetone phosphate (ジヒドロキシアセトンリン酸) / michaelis complex (ミカエリス・メンテン式) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 糖新生 / 解糖系 / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / ミトコンドリア / 細胞膜 ...糖新生 / 解糖系 / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / ミトコンドリア / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / COMO / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jogl, G. / Rozovsky, S. / McDermott, A.E. / Tong, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution 著者: Jogl, G. / Rozovsky, S. / McDermott, A.E. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nf0.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nf0.ent.gz | 90.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nf0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/1nf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/1nf0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26652.146 Da / 分子数: 2 / 変異: W90Y, W157F, W168(FTR) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TPI1 / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JA300 参照: UniProt: P00942, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 6.8 詳細: 50mM TRIS, 50mM NaCl,20% PEG 4000,30mM DHAP, pH 6.8, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: Rozovsky, S., (2001) J. Mol. Biol., 310, 271. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.928 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月4日 |
放射 | モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 62255 / Num. obs: 62255 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 95.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. measured all: 231083 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: COMO 開始モデル: pdb entry 1I45 解像度: 1.6→40 Å / Num. parameters: 17233 / Num. restraintsaints: 16005 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST. 28(1995) 53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4194.32 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |