+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Adenosine Deaminase Complexed with FR235999 | ||||||
![]() | Adenosine Deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / SBDD / TIM-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / hypoxanthine salvage / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process ...negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / hypoxanthine salvage / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / anchoring junction / T cell activation / lysosome / cell adhesion / external side of plasma membrane / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kinoshita, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A highly potent non-nucleoside adenosine deaminase inhibitor: efficient drug discovery by intentional lead hybridization 著者: Terasaka, T. / Kinoshita, T. / Kuno, M. / Nakanishi, I. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 496.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40341.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FR5 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Kinoshita, T., (1999) Acta Crystallogr.,Sect., D55, 2031. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28210 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 / % possible all: 98.9 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: CNX / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|