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- PDB-1nbu: 7,8-Dihydroneopterin Aldolase Complexed with Product From Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nbu
タイトル7,8-Dihydroneopterin Aldolase Complexed with Product From Mycobacterium Tuberculosis
要素(Probable dihydroneopterin aldolase) x 3
キーワードLYASE / anti-parallel / beta-sheet / two alpha helices / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


7,8-dihydroneopterin oxygenase / 7,8-dihydroneopterin epimerase / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / encapsulin nanocompartment / folic acid biosynthetic process / isomerase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PH2 / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / AB INITIO / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Goulding, C.W. / Apostol, M.I. / Sawaya, M.R. / Phillips, M. / Parseghian, A. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Regulation by oligomerization in a mycobacterial folate biosynthetic enzyme.
著者: Goulding, C.W. / Apostol, M.I. / Sawaya, M.R. / Phillips, M. / Parseghian, A. / Eisenberg, D.
履歴
登録2002年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable dihydroneopterin aldolase
B: Probable dihydroneopterin aldolase
C: Probable dihydroneopterin aldolase
D: Probable dihydroneopterin aldolase
E: Probable dihydroneopterin aldolase
F: Probable dihydroneopterin aldolase
G: Probable dihydroneopterin aldolase
H: Probable dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,35316
ポリマ－105,7918
非ポリマー1,5618
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24690 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area33420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.560, 85.150, 74.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable dihydroneopterin aldolase / DHNA


分子量: 13251.920 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: FOLB OR RV3607C OR MT3712.1 OR MTCY07H7B.15 / プラスミド: pET22b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A580, UniProt: P9WNC5*PLUS, dihydroneopterin aldolase
#2: タンパク質 Probable dihydroneopterin aldolase / DHNA


分子量: 13207.910 Da / 分子数: 2 / Mutation: D19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: FOLB OR RV3607C OR MT3712.1 OR MTCY07H7B.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A580, UniProt: P9WNC5*PLUS, dihydroneopterin aldolase
#3: タンパク質 Probable dihydroneopterin aldolase / DHNA


分子量: 13115.813 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y18A, D19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: FOLB OR RV3607C OR MT3712.1 OR MTCY07H7B.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A580, UniProt: P9WNC5*PLUS, dihydroneopterin aldolase
#4: 化合物
ChemComp-PH2 / 2-AMINO-6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDRO-3H-PTERIDIN-4-ONE


分子量: 195.179 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlprotein1drop
2350 mM1dropNaCl
350 mMTris-HCl1droppH7.4
411 %PEG40001reservoir
50.1 M1reservoirLiSO4
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→90 Å / Num. all: 118185 / Num. obs: 118185 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.464 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. obs: 118216 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 % / Num. unique obs: 111905 / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB ENTRY 1DHN

1dhn


解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 71829 / Num. restraintsaints: 90056 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF), Author states ARG23 of chain A, ARG23 of chain B, ARG15 of chain C, ARG15 of chain E, ARG23 of chain E and ARG23 of chain F all have two distinct conformations.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4817 -RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.177 111758 --
obs0.177 109918 93.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7947.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7406 0 112 470 7988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0263
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.07
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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