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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n73 | ||||||
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タイトル | Fibrin D-Dimer, Lamprey complexed with the PEPTIDE LIGAND: GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE | ||||||
要素 |
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キーワード | BLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / isopeptide cross-linked chains / protein-peptide complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane ...induction of bacterial agglutination / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / Α顆粒 / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to leptin stimulus / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 凝固・線溶系 / 血小板 / response to calcium ion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / extracellular vesicle / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / 細胞皮質 / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / 獲得免疫系 / blood microparticle / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 自然免疫系 / シナプス / structural molecule activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Pandi, L. / Doolittle, R.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: The Crystal structure of fragment double-D from cross-linked lamprey fibrin reveals isopeptide linkages across an unexpected D-D interface 著者: Yang, Z. / Pandi, L. / Doolittle, R.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE SEQUENCE MISMATCHES AT RESIDUE 153 OF CHAINS A,D: ALA CONFIRMED BY INDEPENDENT SEQUENCING. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n73.cif.gz | 302 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n73.ent.gz | 245.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n73.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n73 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 14074.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P02674 #2: タンパク質 | 分子量: 37061.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P02678 #3: タンパク質 | 分子量: 38167.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P04115 |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 12分子 GHIJ
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 467.522 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide that occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P02675*PLUS #5: 糖 | ChemComp-NAG / #6: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350 Tris buffer 5 mM CaCl2 2 mM GHRPam, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 92116 / Num. obs: 75259 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 66.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 40004 / Num. measured all: 75259 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.308 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |