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- PDB-1n5q: Crystal structure of a Monooxygenase from the gene ActVA-Orf6 of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5q
タイトルCrystal structure of a Monooxygenase from the gene ActVA-Orf6 of Streptomyces coelicolor in complex with dehydrated Sancycline
要素ActaVA-Orf6 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / aromatic polyketides / actinorhodin / dihydrokalafungin / sancycline / streptomyces coelicolor
機能・相同性
機能・相同性情報


ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TNC / ActVA 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / fourier difference / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Sciara, G. / Kendrew, S.G. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Federici, L. / Malatesta, F. / Schimperna, G. / Savino, C. / Vallone, B.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: The structure of ActVA-Orf6, a novel type of monooxygenase involved in actinorhodin biosynthesis
著者: Sciara, G. / Kendrew, S.G. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Federici, L. / Malatesta, F. / Schimperna, G. / Savino, C. / Vallone, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a monooxygenase from Streptomyces coelicolor A3(2) involved in the biosynthesis of the polyketide actinorhodin
著者: Kendrew, S.G. / Federici, L. / Savino, C. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Vallone, B.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1997
タイトル: Identification of a monooxygenase from Streptomyces coelicolor A3(2) involved in the biosynthesis of actinorhodin: purification and characterization of the recombinant enzyme
著者: Kendrew, S.G. / Hopwood, D.A. / Marsh, N.G.
履歴
登録2002年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ActaVA-Orf6 monooxygenase
B: ActaVA-Orf6 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6364
ポリマ－23,9572
非ポリマー6792
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.240, 59.400, 72.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 ActaVA-Orf6 monooxygenase


分子量: 11978.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: ActVA-Orf6 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53908
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TNC / 4-DIMETHYLAMINO-1,10,11,12-TETRAHYDROXY-3-OXO-3,4,4A,5-TETRAHYDRO-NAPHTHACENE-2-CARBOXYLIC ACID AMIDE / DEHYDRATED SANCYCLINE


分子量: 396.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor diffusion + soaking / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, PEG 200, Tris or Hepes buffer, pH 7.0, vapour diffusion + soaking, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.5 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.0
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
410-15 %PEG2001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月5日 / 詳細: Three-segment Pt-coated toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111,Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→15 Å / Num. all: 21456 / Num. obs: 21456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1057 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 118991
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: fourier difference
開始モデル: PDB ENTRY 1LQ9

1lq9


解像度: 1.74→15 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1098 -RANDOM
Rwork0.19 ---
all-21425 --
obs-21425 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 48 179 1919
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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