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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n5q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Monooxygenase from the gene ActVA-Orf6 of Streptomyces coelicolor in complex with dehydrated Sancycline | ||||||
![]() | ActaVA-Orf6 monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / aromatic polyketides / actinorhodin / dihydrokalafungin / sancycline / streptomyces coelicolor | ||||||
機能・相同性 | ![]() ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sciara, G. / Kendrew, S.G. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Federici, L. / Malatesta, F. / Schimperna, G. / Savino, C. / Vallone, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of ActVA-Orf6, a novel type of monooxygenase involved in actinorhodin biosynthesis 著者: Sciara, G. / Kendrew, S.G. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Federici, L. / Malatesta, F. / Schimperna, G. / Savino, C. / Vallone, B. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a monooxygenase from Streptomyces coelicolor A3(2) involved in the biosynthesis of the polyketide actinorhodin 著者: Kendrew, S.G. / Federici, L. / Savino, C. / Miele, A.E. / Marsh, N.G. / Vallone, B. #2: ![]() タイトル: Identification of a monooxygenase from Streptomyces coelicolor A3(2) involved in the biosynthesis of actinorhodin: purification and characterization of the recombinant enzyme 著者: Kendrew, S.G. / Hopwood, D.A. / Marsh, N.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11978.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A3(2) / 遺伝子: ActVA-Orf6 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-P6G / | #3: 化合物 | ChemComp-TNC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: vapor diffusion + soaking / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, PEG 200, Tris or Hepes buffer, pH 7.0, vapour diffusion + soaking, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月5日 / 詳細: Three-segment Pt-coated toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Double crystal (Si111,Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→15 Å / Num. all: 21456 / Num. obs: 21456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1057 / % possible all: 98.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 118991 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: fourier difference 開始モデル: PDB ENTRY 1LQ9 解像度: 1.74→15 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→15 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.19 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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