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- PDB-1tuv: Crystal structure of YgiN in complex with menadione -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tuv
タイトルCrystal structure of YgiN in complex with menadione
要素Protein ygiN
キーワードUNKNOWN FUNCTION / menadione oxidase / monooxygenase / co-crystal with natural product / ferredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acidic pH / 酸化還元酵素 / catalytic activity / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MENADIONE / Probable quinol monooxygenase YgiN / Probable quinol monooxygenase YgiN
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / direct input of native model / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Adams, M.A. / Jia, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and Biochemical Evidence for an Enzymatic Quinone Redox Cycle in Escherichia coli: IDENTIFICATION OF A NOVEL QUINOL MONOOXYGENASE
著者: Adams, M.A. / Jia, Z.
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ygiN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9482
ポリマ－12,7761
非ポリマー1721
水3,261181
1
A: Protein ygiN
ヘテロ分子

A: Protein ygiN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8964
ポリマ－25,5512
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
2
A: Protein ygiN
ヘテロ分子

A: Protein ygiN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8964
ポリマ－25,5512
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_554z+1/4,-y+1/4,x-1/41
Buried area3800 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.562, 102.562, 102.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4610-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein ygiN


分子量: 12775.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ygiN / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40718, UniProt: P0ADU2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-VK3 / MENADIONE / VITAMIN K3 / 2-METHYL-1,4-NAPHTHALENEDIONE / メナジオン


分子量: 172.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, ammonium sulfate, sodium/potassium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月25日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 19783 / Num. obs: 19783 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 50
反射 シェル解像度: 1.69→1.77 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: direct input of native model / 解像度: 1.7→25.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 1.913 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24904 1056 5.1 %RANDOM
Rwork0.20756 ---
all0.20949 19783 --
obs0.20949 19783 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.765 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数797 0 13 181 991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21.9621124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0231761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1025102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2610.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.40.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3371.5515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3792832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1373314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4284.5292
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.362 82
Rwork0.315 1411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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