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- PDB-2f06: Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f06 | ||||||
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Title | Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / structural genomics Hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ACT domain pair / VC0802-like / VC0802-like / ACT domain profile. / ACT domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / HISTIDINE / Acetohydroxyacid synthase small subunit Related![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of protein BT0572 from Bacteroides thetaiotaomicron Authors: Chang, C. / Volkart, L. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 67.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 56 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 454.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Details | tetramer generated by symmetry operation (x,x-y+1,1/6-z) of dimer |
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Components
#1: Protein | Mass: 15779.764 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: VPI-5482 / Plasmid: pMCSG / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 8% PEG 6000, 0.1M Mes pH 6.5, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2005 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 18814 / Num. obs: 18739 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 60.1 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1782 / % possible all: 98.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.512 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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