PDB-3kg0: Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kg0

タイトル

Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from Streptomyces nogalater, determined to 1.7 resolution

要素

SnoaB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / polyketide / anthracycline / oxygenase / cofactor-independent

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxynogalonate monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases) / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces nogalater (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from Streptomyces nogalater: implications for the reaction mechanism
著者: Grocholski, T. / Koskiniemi, H. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kg0.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kg0.ent.gz	59.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kg0_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kg0_full_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示
XML形式データ	3kg0_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3kg0_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg1C 3kngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kg1-1 3kg1-3 3kg1-2 6i6y-1 6d31-d 4fk7-d 1lbu-d 1q8b-2 2ftr-d 2a90-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SnoaB

B: SnoaB

C: SnoaB

ヘテロ分子

43.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SnoaB

ヘテロ分子

C: SnoaB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SnoaB

ヘテロ分子

B: SnoaB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SnoaB

ヘテロ分子

A: SnoaB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.262, 112.383, 47.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SnoaB 分子量: 14354.829 Da / 分子数: 3 / 断片: oxygenase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: SnoaB / プラスミド: modified from pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O54259
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA- ...AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA-SEQUENCING THREE TIMES. THIS HAS BEEN NOTED IN THE SECONDARY REFERENCE, KOSKINIEMI ET AL. 2009

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG MME 2K, KBr, pentaerythritol ethoxylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月12日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 32939 / Num. obs: 32939 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.9 Å² / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3585 / R_sym value: 0.354 / % possible all: 73.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.674 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	1614	4.9 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
all	0.176	32936	-	-
obs	0.176	32936	94.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.14 Å² / B_iso mean: 20.141 Å² / B_iso min: 3.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	15	196	2546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.91	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.213	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.272	21.783	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.53	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.702	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.35	2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.138	3	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.917	4	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.47	5	926

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	84	-
R_work	0.245	1607	-
all	-	1691	-
obs	-	-	66.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.266	0.8026	-6.0209	2.2448	-0.4088	14.5951	0.1344	-0.1939	0.0732	-0.0893	-0.0448	0.0664	-0.254	-0.1901	-0.0896	0.0455	0.0308	-0.0256	0.0462	-0.0228	0.0262	1.428	-10.127	-10.253
2	1.4814	-0.1292	-1.2231	1.6181	0.1825	3.7636	-0.0286	-0.2353	0.0845	0.0276	0.1123	-0.3503	0.2402	0.2644	-0.0838	0.0363	0.0207	-0.0214	0.0624	-0.0291	0.1037	13.413	-16.067	-13.235
3	4.5024	0.5843	0.2968	4.7462	1.0433	7.3279	-0.0591	0.3417	-0.0878	-0.2682	0.1934	-0.1677	0.0683	0.1626	-0.1342	0.0451	0.0063	0.0068	0.0496	-0.0317	0.0558	5.815	-18.299	-23.253
4	6.8715	0.634	0.3859	0.0847	-0.0205	0.1603	0.1423	-0.2585	0.2756	0.0841	-0.0616	0.0422	-0.1297	0.0241	-0.0806	0.207	-0.021	0.0099	0.2137	-0.063	0.1499	9.426	-8.224	-2.885
5	3.0981	-0.331	-0.6261	0.0649	0.287	2.6311	-0.0683	-0.2474	0.2129	-0.0305	0.0199	-0.0487	-0.3026	-0.0501	0.0483	0.143	0.0411	0.0003	0.0642	-0.0534	0.1403	5.861	-9.617	-14.013
6	11.1419	4.7959	-6.0227	6.9094	-5.9182	6.1604	0.0654	0.3514	0.0583	0.0313	-0.0777	0.1234	-0.1883	-0.0034	0.0122	0.0791	-0.0103	-0.0065	0.0556	-0.0027	0.0319	23.572	4.868	10.326
7	4.5946	-1.7087	-0.3291	3.7384	-1.3357	3.6317	0.1369	0.6376	-0.2745	-0.3291	-0.2215	0.4372	-0.1318	-0.2352	0.0847	0.0943	0.0363	-0.0789	0.1689	-0.0503	0.0802	16.776	1.938	4.656
8	4.5774	-1.1841	-0.7508	2.7901	-1.6882	3.144	0.158	0.5974	0.4837	-0.0353	-0.1994	-0.0273	-0.5899	-0.195	0.0414	0.2442	0.0508	-0.0456	0.155	0.0495	0.0961	18.77	11.296	6.521
9	13.4396	-0.1504	4.4192	3.938	-0.1263	4.7197	-0.2628	0.1085	-0.1022	-0.0819	0.1993	0.1617	-0.3746	-0.0146	0.0635	0.0483	0.0087	0.0042	0.0239	0.0126	0.0269	13.53	4.363	16.506
10	10.4099	-3.3707	-5.9874	4.6179	3.1692	6.5378	0.2495	0.3076	0.6912	-0.2805	-0.1606	-0.3314	-0.137	-0.0235	-0.089	0.0613	0.0076	0.0299	0.0896	0.0619	0.0983	34.255	5.07	5.565
11	4.1432	-4.5494	-0.3586	11.477	0.6379	0.9655	-0.0183	0.0805	-0.043	-0.1817	-0.0448	0.4989	0.0385	0.0399	0.0632	0.0292	0.0237	0.001	0.0429	0.0235	0.0436	5.398	16.265	-22.684
12	2.6637	1.0168	-0.2926	13.7346	-0.758	1.168	-0.0993	-0.1233	0.0142	-0.0669	0.1287	-0.1908	0.0594	0.2043	-0.0293	0.0279	0.0414	-0.0006	0.1021	0.0025	0.01	18.303	12.949	-16.68
13	1.5222	1.2052	-1.355	4.9158	-1.1621	1.4187	-0.1484	-0.2452	0.0236	0.1915	0.0946	0.043	0.0916	0.2735	0.0538	0.0756	0.0407	0.0045	0.1068	0.0453	0.0557	8.633	16.536	-16.499
14	2.1201	-1.4737	-0.537	10.111	0.321	0.2386	-0.0853	-0.1206	0.2022	-0.2458	0.1766	-0.2626	-0.0429	0.1063	-0.0914	0.1	-0.019	0.0352	0.0845	-0.0317	0.0424	16.977	18.269	-26.556
15	7.0528	-5.0154	-2.9667	5.3769	1.6297	3.3574	0.0575	0.223	-0.0409	-0.0055	-0.1506	0.1488	-0.0607	-0.1351	0.0932	0.0171	0.0075	0.0108	0.0176	0.0188	0.062	-2.061	19.245	-21.654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	65 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	83 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	25 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	59 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	90 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	96 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	10 - 23
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	24 - 41
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	42 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	72 - 94
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	95 - 106

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