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Yorodumi- PDB-3kng: Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kng | ||||||
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Title | Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from Streptomyces nogalater, determined to 1.9 resolution | ||||||
Components | SnoaB | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / polyketide / anthracycline / oxygenase / cofactor-independent | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxynogalonate monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases) / antibiotic biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces nogalater (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Crystal structure of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from Streptomyces nogalater: implications for the reaction mechanism Authors: Grocholski, T. / Koskiniemi, H. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2009 Title: Expression, purification and crystallization of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from the nogalamycin biosynthetic pathway. Authors: Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Schneider, G. / Niemi, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kng.cif.gz | 104.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kng.ent.gz | 81 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kng.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3kng_validation.pdf.gz | 457.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3kng_full_validation.pdf.gz | 458.1 KB | Display | |
Data in XML | 3kng_validation.xml.gz | 12 KB | Display | |
Data in CIF | 3kng_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kng | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3kg0C 3kg1C 1lq9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13972.412 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces nogalater (bacteria) / Gene: SnoaB / Plasmid: modified from pBAD HisB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: O54259 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA- ...AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA-SEQUENCING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: (NH4)2SO4, NaCl, Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→58.7 Å / Num. all: 23455 / Num. obs: 23455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 19.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 3344 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1lq9 Resolution: 1.9→19.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY. RESIDUAL DENSITY FOR A LIGAND IN THE ACTIVE SITE WAS NOT MODELLED, BECAUSE THE CHEMICAL NATURE OF THIS COMPOUND IS UNKNOWN.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.56 Å2 / Biso mean: 27.608 Å2 / Biso min: 13.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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