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Yorodumi- PDB-6mla: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mla | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) D161A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine | |||||||||||||||
Components | Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein | |||||||||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.582 Å | |||||||||||||||
Authors | Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A. | |||||||||||||||
Funding support | Mexico, 4items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2020 Title: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein. Authors: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mla.cif.gz | 120.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mla.ent.gz | 91.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mla.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mla_validation.pdf.gz | 459.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mla_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | Display | |
Data in XML | 6mla_validation.xml.gz | 14 KB | Display | |
Data in CIF | 6mla_validation.cif.gz | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mla | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mloC 6mlpC 6mlvC 1lafS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#1: Protein | Mass: 26014.305 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D161A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: argT, STM2355 / Plasmid: pET12b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-AI / References: UniProt: P02911 |
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-Non-polymers , 5 types, 303 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ARG / |
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#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Acetato de sodio trihidratado. 0.05 M Cacodilato de sodio trihidratado, pH: 6.5. 15% w/v Polietilenglicol 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2018 / Details: Osmic VariMax Cu-HF |
Radiation | Monochromator: VariMax HF / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.58→50 Å / Num. obs: 60426 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 46.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.61 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.648 / % possible all: 95.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1LAF Resolution: 1.582→35.048 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.582→35.048 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.6439 Å / Origin y: -0.3726 Å / Origin z: -12.9983 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |