PDB-6mku: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mku

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) D11A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.727 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mku.cif.gz	113.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mku.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/6mku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/6mku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mlaC 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mloC 6mlpC 6mlvC 1lafS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mkw-d 6mlg-d 1lst-d 6azi-d 6mlj-1 1omv-d 5x5m-2 3f4t-d 4yi9-d 6mlj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.161, 58.611, 115.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 26014.305 Da / 分子数: 1 / 変異: D11A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Complexed with arginine 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / 1-[(S)-4-アンモニオ-4-カルボキシラトブチル]グアニジニウムタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.727→50 Å / Num. obs: 51080 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.727→1.76 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1055 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf

解像度: 1.727→41.097 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	1992	7.4 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.1975	48526	94.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.727→41.097 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1796	0	22	270	2088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	2497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.258	662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7266-1.7494	0.2878	109	0.2908	1473	X-RAY DIFFRACTION	80
1.7494-1.7733	0.3383	131	0.2828	1666	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7733-1.7987	0.3006	123	0.263	1593	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7987-1.8255	0.2879	134	0.2693	1646	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8255-1.854	0.3153	131	0.262	1673	X-RAY DIFFRACTION	91
1.854-1.8844	0.3097	131	0.2598	1649	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8844-1.9169	0.2758	137	0.2502	1671	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9169-1.9518	0.3221	139	0.2384	1715	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9518-1.9893	0.2745	139	0.2339	1694	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9893-2.0299	0.2672	144	0.2177	1725	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0299-2.0741	0.2834	136	0.2111	1732	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0741-2.1223	0.2491	137	0.199	1706	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1223-2.1754	0.2451	144	0.2002	1758	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1754-2.2342	0.2495	130	0.1932	1717	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2342-2.2999	0.2647	146	0.2005	1744	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2999-2.3742	0.2548	138	0.1906	1789	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3742-2.459	0.2222	133	0.1927	1762	X-RAY DIFFRACTION	97
2.459-2.5574	0.2351	143	0.1925	1771	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5574-2.6738	0.2817	138	0.1966	1806	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6738-2.8147	0.2058	144	0.1873	1783	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8147-2.9911	0.2299	152	0.1878	1799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9911-3.2219	0.2183	145	0.1803	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2219-3.546	0.1978	142	0.1656	1819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.546-4.0587	0.1988	150	0.1567	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0587-5.112	0.1611	142	0.1425	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
5.112-41.109	0.1941	152	0.1726	1819	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.0008 Å / Origin y: 0.4015 Å / Origin z: -12.9741 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0107 Å²	-0.0023 Å²	0.0079 Å²	-	0.0049 Å²	-0.0175 Å²	-	-	0.0138 Å²
L	0.0137 °²	0.0035 °²	0.0034 °²	-	0.0129 °²	0.0056 °²	-	-	0.0393 °²
S	-0.0205 Å °	0.0446 Å °	-0.0042 Å °	-0.0048 Å °	-0.0015 Å °	-0.0227 Å °	0.0308 Å °	0.0108 Å °	-0.0168 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)