PDB-6mlo: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mlo

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) Y14A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.717 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mlo.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mlo.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mlo_validation.pdf.gz	683.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mlo_full_validation.pdf.gz	684.6 KB	表示
XML形式データ	6mlo_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6mlo_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mlaC 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mlpC 6mlvC 1lafS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lag-d 6mlp-d 6mlj-1 6mle-d 2yjp-2 1lst-d 4ymx-2 6mkw-d 6mlg-d 1j9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.168, 58.653, 115.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 25966.219 Da / 分子数: 1 / 変異: Y14A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate. 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.717→50 Å / Num. obs: 51155 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3103 / CC_1/2: 0.676 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf

解像度: 1.717→32.178 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	1996	7.22 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1786	51155	98.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.717→32.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1815	0	22	285	2122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	2540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.868	697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7169-1.7395	0.3711	118	0.3163	1563	X-RAY DIFFRACTION	84
1.7395-1.7633	0.3343	134	0.2933	1730	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7633-1.7885	0.3001	141	0.2754	1730	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7885-1.8152	0.2831	137	0.2484	1775	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8152-1.8436	0.3013	138	0.2415	1822	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8436-1.8738	0.3034	140	0.2252	1798	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8738-1.9061	0.2307	137	0.2113	1772	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9061-1.9407	0.2566	149	0.2206	1868	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9407-1.9781	0.3075	144	0.2147	1828	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9781-2.0184	0.2634	148	0.2083	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0184-2.0623	0.2373	145	0.2047	1878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0623-2.1103	0.2255	144	0.1951	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1103-2.163	0.2472	152	0.1877	1878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.163-2.2215	0.2361	144	0.1771	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2215-2.2869	0.2248	143	0.1817	1865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2869-2.3607	0.2848	143	0.1746	1850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3607-2.445	0.2389	147	0.1687	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.445-2.5428	0.2126	140	0.1722	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5428-2.6585	0.2116	147	0.1715	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7986	0.2118	135	0.181	1845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7986-2.9738	0.2023	144	0.1706	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9738-3.2033	0.225	139	0.1633	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2033-3.5253	0.1946	144	0.1533	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5253-4.0345	0.1601	143	0.1448	1875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0345-5.0799	0.1576	144	0.1207	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0799-32.184	0.1724	152	0.1492	1862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.3013 Å / Origin y: 0.7879 Å / Origin z: -13.1009 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0061 Å²	-0.0079 Å²	-0.0063 Å²	-	-0.005 Å²	-0.0425 Å²	-	-	-0.004 Å²
L	0.0015 °²	0.001 °²	0.001 °²	-	0.0035 °²	0.0056 °²	-	-	0.0147 °²
S	-0.0119 Å °	0.0188 Å °	0.003 Å °	-0.0022 Å °	-0.0033 Å °	-0.0046 Å °	0.0177 Å °	-0.0025 Å °	-0.0064 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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