[English] 日本語
Yorodumi- PDB-2yjp: Crystal structure of the solute receptors for L-cysteine of Neiss... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yjp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the solute receptors for L-cysteine of Neisseria gonorrhoeae | ||||||
Components | PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACIDATP-binding cassette transporter | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / SOLUTE-BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | NEISSERIA GONORRHOEAE (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.26 Å | ||||||
Authors | Bulut, H. / Moniot, S. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Licht, A. / Saenger, W. / Schneider, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Crystal Structures of Two Solute Receptors for L-Cystine and L-Cysteine, Respectively, of the Human Pathogen Neisseria Gonorrhoeae. Authors: Bulut, H. / Moniot, S. / Licht, A. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Saenger, W. / Schneider, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yjp.cif.gz | 302.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2yjp.ent.gz | 244 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yjp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/2yjp | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2ylnC 3zsfC 1xt8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31403.377 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 18-284 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) NEISSERIA GONORRHOEAE (bacteria) / Strain: FA 1090 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR PLYSS / References: UniProt: Q5F5B5 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 23 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 23 TO ALA ...ENGINEERED | Sequence details | N-TERMINAL HIS-TAG CONSTRUCT WITH ENTEROKINA | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.5 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Details: 16-18% PEG 4000, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 MM ZNCL2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9395 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9395 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→47.18 Å / Num. obs: 39913 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.14 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.32 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.38 Å / Redundancy: 2.92 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 86.7 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1XT8 Resolution: 2.26→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.214 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.081 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.26→47.18 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|