[日本語] English
万見
- PDB-3kg1: Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kg1
タイトルCrystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from Streptomyces nogalater, mutant N63A
要素SnoaB
キーワードOXIDOREDUCTASE / polyketide / anthracycline / oxygenase / cofactor-independent
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynogalonate monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases) / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxynogalonate monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces nogalater (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from Streptomyces nogalater: implications for the reaction mechanism
著者: Grocholski, T. / Koskiniemi, H. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Expression, purification and crystallization of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from the nogalamycin biosynthetic pathway
著者: Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Schneider, G. / Niemi, J.
履歴
登録2009年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SnoaB
B: SnoaB
C: SnoaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0065
ポリマ－42,9353
非ポリマー712
水61334
1
C: SnoaB
ヘテロ分子

A: SnoaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6954
ポリマ－28,6242
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
2
B: SnoaB

B: SnoaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6242
ポリマ－28,6242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
3
C: SnoaB
ヘテロ分子

A: SnoaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6954
ポリマ－28,6242
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.831, 111.603, 48.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUARGARGAA13 - 5523 - 65
21GLUGLUARGARGBB13 - 5523 - 65
31GLUGLUARGARGCC13 - 5523 - 65
12SERSERALAALAAA60 - 10270 - 112
22SERSERALAALABB60 - 10270 - 112
32SERSERALAALACC60 - 10270 - 112

-
要素

#1: タンパク質 SnoaB


分子量: 14311.804 Da / 分子数: 3 / 断片: oxygenase / 変異: N63A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア)
遺伝子: SnoaB / プラスミド: modified from pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O54259
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA- ...AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA-SEQUENCING THREE TIMES. THIS HAS BEEN NOTED IN THE SECONDARY REFERENCE, KOSKINIEMI ET AL. 2009

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG MME 2K, KBr, pentaerythritol ethoxylate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月12日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 11301 / Num. obs: 11301 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 52.5 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1591 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 25.621 / SU ML: 0.261 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.71 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 568 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 11271 --
obs0.209 11271 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.71 Å2 / Biso mean: 35.709 Å2 / Biso min: 17.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å20 Å2
2---2.91 Å20 Å2
3---4.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 2 34 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.9073250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90133827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2935297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.21621.694124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.16415328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4661.51478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1051.5587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90422360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4343907
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4734.5888
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1100 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.610.5
BMEDIUM POSITIONAL0.550.5
CMEDIUM POSITIONAL0.640.5
AMEDIUM THERMAL0.472
BMEDIUM THERMAL0.452
CMEDIUM THERMAL0.492
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 35 -
Rwork0.296 749 -
all-784 -
obs--98.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.65150.2608-1.20371.1589-0.06032.60210.0129-0.24720.04580.18670.0062-0.2343-0.02580.1352-0.01920.10660.0232-0.04940.029-0.01050.05178.426-12.69610.381
24.56110.0032-1.56412.7187-1.11892.93110.06060.46280.1576-0.2269-0.12790.1488-0.2345-0.0420.06730.12870.0333-0.04260.10340.01250.030720.5725.66630.768
32.3113-0.7371-0.48723.40990.54631.3331-0.0916-0.01590.07380.08590.12260.0847-0.06560.0924-0.0310.0389-0.0161-0.00720.03690.00750.009510.2616.2343.317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 106

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る