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- PDB-2b8m: Crystal structure of a rmlc-like cupin family protein with a doub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b8m
タイトルCrystal structure of a rmlc-like cupin family protein with a double-stranded beta-helix fold (mj0764) from methanocaldococcus jannaschii at 1.70 A resolution
要素Hypothetical protein MJ0764
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized protein MJ0764
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (1499583) from METHANOCOCCUS JANNASCHII at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence The construct was expressed with a purification tag MGSDKIHHHHHHENLYFQG. The tag was ...sequence The construct was expressed with a purification tag MGSDKIHHHHHHENLYFQG. The tag was removed with TEV protease leaving only GLY-0 followed by residues 1-116 of the 1499583 gene target.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MJ0764
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3438
ポリマ－13,8331
非ポリマー5107
水2,378132
1
A: Hypothetical protein MJ0764
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein MJ0764
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,68716
ポリマ－27,6672
非ポリマー1,02014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area5980 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area10130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.830, 49.830, 78.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-242-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein MJ0764


分子量: 13833.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: 1499583 / プラスミド: HK100::SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58174
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 20.0% PEG-3350, No Buffer, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9796, 0.9797, 1.0000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97971
311
反射解像度: 1.7→29.08 Å / Num. all: 12925 / Num. obs: 12267 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.84
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.527 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.7697.22.233933210697.2
1.76-1.8392.62.7241962224
1.83-1.91943.5741192182
1.91-2.0295.94.8747052502
2.02-2.14976.0741332198
2.14-2.3197.57.3946082444
2.31-2.5498.29.2644212325
2.54-2.998.810.3944542352
2.9-3.669913.2445102410
3.66-29.0897.217.4544752358

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.918 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.104
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ELECTRON DENSITY IS DISORDERED AT THE C-TERMINUS, THEREFORE, THE STRUCTURE WAS NOT MODELED IN THIS REGION 4. ELECTRON DENSITY BETWEEN THE SIDECHAINS OF HIS 25 AND HIS 49 ON SYMMETRY-RELATED SUBUNITS WAS MODELED AS A CHLORIDE ANION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 628 4.9 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.152 ---
obs0.15197 12267 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.3 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数886 0 28 132 1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9731272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74332011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2085112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78725.58143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.28615172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.987152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1890.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3073594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5823221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.695915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0578413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.92311356
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 47 -
Rwork0.206 893 -
obs--99.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.974 Å / Origin y: 6.734 Å / Origin z: 32.456 Å
111213212223313233
T-0.1405 Å2-0.0009 Å2-0.0016 Å2--0.1147 Å20.0032 Å2---0.125 Å2
L0.5384 °2-0.1081 °20.0201 °2-1.2481 °20.0566 °2--0.8392 °2
S-0.0138 Å °-0.0747 Å °0.0532 Å °0.0865 Å °-0.0001 Å °0.0272 Å °-0.0396 Å °0.0059 Å °0.0139 Å °
精密化 TLSグループSelection: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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