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- PDB-1n2m: The S53A Proenzyme Structure of Methanococcus jannaschii. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n2m
タイトルThe S53A Proenzyme Structure of Methanococcus jannaschii.
要素Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
キーワードLYASE / pyruvoyl group / pyruvate / agmatine / arginine decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine decarboxylase / arginine decarboxylase activity / arginine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (PvlArgDC) / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Pyruvoyl-Dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannaschii: Crystal Structures of the Self-Cleaved and S53A Proenzyme Forms
著者: Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Methanococcus jannaschii uses a pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase in polyamine biosynthesis
著者: Graham, D.E. / Xu, H. / White, R.H.
履歴
登録2002年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,19714
ポリマ－106,2516
非ポリマー9458
水8,971498
1
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5987
ポリマ－53,1263
非ポリマー4734
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5987
ポリマ－53,1263
非ポリマー4734
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.260, 91.310, 86.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Two proenzyme trimers are in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase / PvlArgDC


分子量: 17708.564 Da / 分子数: 6 / 変異: S53A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: proenzyme form
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon-Plus(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethansulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, pH 7. ...詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethansulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118-21 %PEG20001reservoir
210 %MPD1reservoir
32.5 %glycerol1reservoir
4100 mMHEPES1reservoirpH7.0
50.5 mMbeta-octylglucoside1reservoir
60.5 mMputrescine1reservoir
75 mMEDTA1reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月28日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.7 Å / Num. all: 68424 / Num. obs: 61718 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.85 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 3497 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 51.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 187377 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 51.5 % / Rmerge(I) obs: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MT1

1mt1


解像度: 1.9→28.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 5966 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.203 68392 --
obs0.186 59911 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.2446 Å2 / ksol: 0.413056 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.09 Å20 Å20.35 Å2
2--12.54 Å20 Å2
3----7.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7275 0 0 562 7837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.232.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 565 9.4 %
Rwork0.228 5440 -
obs--52.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEINMAO.PARAMPROTEINMAO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD.PARAMMPD.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.97 Å / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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