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- PDB-1n2d: Ternary complex of MLC1P bound to IQ2 and IQ3 of Myo2p, a class V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n2d
タイトルTernary complex of MLC1P bound to IQ2 and IQ3 of Myo2p, a class V myosin
要素
  • IQ2 AND IQ3 MOTIFS FROM MYO2P, A CLASS V MYOSIN
  • Myosin Light Chain
キーワードCELL CYCLE / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / IQ MOTIF / MYOSIN LIGHT CHAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex ...MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / vesicle targeting / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / site of polarized growth / myosin V complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / septum digestion after cytokinesis / myosin V binding / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / vesicle docking involved in exocytosis / fungal-type vacuole membrane / myosin II complex / microfilament motor activity / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / vesicle-mediated transport / transport vesicle / regulation of cytokinesis / actin filament organization / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #190 / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #190 / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-2 / Myosin light chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Terrak, M. / Wu, G. / Stafford, W.F. / Lu, R.C. / Dominguez, R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the light chain-binding domain of myosin V.
著者: Terrak, M. / Rebowski, G. / Lu, R.C. / Grabarek, Z. / Dominguez, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallisation, X-ray Characterixation and Selenomethionine Phasing of Mlc1p Bound to IQ motifs from Myosin V
著者: Terrak, M. / Otterbein, L.R. / Wu, W. / Palecanda, L.A. / Lu, R.C. / Dominguez, R.
履歴
登録2002年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin Light Chain
B: Myosin Light Chain
C: IQ2 AND IQ3 MOTIFS FROM MYO2P, A CLASS V MYOSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2083
ポリマ－38,2083
非ポリマー00
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.017, 64.240, 72.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Myosin Light Chain / M1C1P / Myosin-2-Light Chain


分子量: 16332.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MLC1 / プラスミド: pAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53141
#2: タンパク質・ペプチド IQ2 AND IQ3 MOTIFS FROM MYO2P, A CLASS V MYOSIN / Myosin-2 isoform


分子量: 5543.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide corresponding to IQ2 and IQ3 was chemically synthesized. THE sequence of the peptide is naturally found in saccharomyces cerevisiae (baker's yeast) MYO2P, a class V myosin.
参照: UniProt: P19524
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 5000 monomethyl ether, potassium fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Terrak, M., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 1882.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMsodium acetate1droppH4.0
21 mM1dropCaCl2
31 mMdithiothreitol1drop
410 mg/mlprotein1drop
523 %PEG5000 MME1reservoir
60.3 Mpotassium fluoride1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月1日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.27 Å / Num. all: 25861 / Num. obs: 25861 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 63.8 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Shakeモデル構築
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→41.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1510444.66 / Data cutoff high rms absF: 1510444.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1248 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-25861 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5369 Å2 / ksol: 0.36759 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å20 Å20 Å2
2--4.98 Å20 Å2
3----10.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2726 0 0 256 2982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 198 4.8 %
Rwork0.279 3921 -
obs-3921 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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