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- PDB-5yua: Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb in high-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yua
タイトルCrystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb in high-pH condition
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8008556672 Å
データ登録者Irie, K. / Shimomura, T. / Fujiyoshi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Toyoaki Scholarship Foundation 日本
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Structural insight on the voltage dependence of prokaryotic voltage gated sodium channel NavAb.
著者: Irie, K. / Haga, Y. / Shimomura, T. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2017年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,14911
ポリマ－31,3821
非ポリマー5,76710
水1629
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,59644
ポリマ－125,5294
非ポリマー23,06740
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area53040 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area41750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.450, 126.450, 201.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1301-

CA

21A-1401-

HOH

31A-1402-

HOH

41A-1403-

HOH

51A-1405-

HOH

61A-1406-

HOH

71A-1408-

HOH

81A-1409-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Ion transport protein / prokaryotic voltage gated sodium channel


分子量: 31382.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
遺伝子: SAMEA4475700_01771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A239WB15, UniProt: A8EVM5*PLUS
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-1N7 / CHAPSO / 2-hydroxy-N,N-dimethyl-3-sulfo-N-(3-{[(3beta,5beta,7beta,12beta)-3,7,12-trihydroxy-24-oxocholan-24-yl]amino}propyl)propan-1-aminium


分子量: 631.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H59N2O8S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 678.940 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.85 % / 解説: pyramidal shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 11% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM NaCl, 100 mM calcium nitrate, 100 mM Tris-HCl pH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→31.47 Å / Num. obs: 20186 / % possible obs: 87.68 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 60.9798776849 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 14.02
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3136 / Num. unique obs: 505 / Rpim(I) all: 1.074 / % possible all: 25.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy


解像度: 2.8008556672→31.4605001582 Å / SU ML: 0.447921114119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33590617468 / 位相誤差: 30.3553703658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262134745718 921 5.12093411176 %
Rwork0.230018187795 17064 -
obs0.231669922293 17985 87.778808141 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.7405017713 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8008556672→31.4605001582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 379 9 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009603630179142290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.324927321173065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575773173154356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00660838643893321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.1358211822931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8009-2.94840.402671622931360.371466001008872X-RAY DIFFRACTION31.7815890795
2.9484-3.1330.4312320422311450.3671309716862484X-RAY DIFFRACTION91.3164293157
3.133-3.37460.3604236761861420.3138625075542734X-RAY DIFFRACTION99.8957971518
3.3746-3.71380.2691096336271510.2264845092132754X-RAY DIFFRACTION99.9655884377
3.7138-4.250.2202091587851580.1896443496752756X-RAY DIFFRACTION99.9656946827
4.25-5.35030.2075567245271670.1698801813742774X-RAY DIFFRACTION99.5262267343
5.3503-31.46250.2482916876811220.2349905032832690X-RAY DIFFRACTION90.826873385
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.881544574250.164697662563-0.5661582966873.08004125224-1.679087574232.65343052530.1107103499210.139727543662-0.377643891910.00700365601287-0.176593802515-0.4027196538791.093280652251.206754973660.06346056098950.976148853760.455118235716-0.174467141111.225634122750.1432190295580.87156612048931.2436357695-23.449719336428.367579038
23.95836188923-0.3674688061111.086248026452.19757319368-0.3861800282263.48468935291-0.127771737926-0.478968349571-0.2996385480750.463655054888-0.0862207933555-0.07408944434750.5108511439070.04934374463330.1591439636350.442003828075-0.004177007972060.07546034182690.2894856124470.07796234378920.340225898366-1.45818279404-13.135603135923.1497809124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 999 through 1096 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1097 through 1226 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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