PDB-3l89: Human Adenovirus type 21 knob in complex with domains SCR1 and SC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l89

タイトル

Human Adenovirus type 21 knob in complex with domains SCR1 and SCR2 of CD46 (membrane cofactor protein, MCP)

要素

Fiber protein
Membrane cofactor protein

キーワード

VIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / Adenovirus / Fiber Knob / Viral Protein / Membrane cofactor protein / MCP / virus receptor complex / SCR / Short consensus repeat / CCP / complement control protein / Complement pathway / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Innate immunity / Sushi2 / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / T cell mediated immunity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 21 (ヒトアデノウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Cupelli, K. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure of adenovirus type 21 knob in complex with CD46 reveals key differences in receptor contacts among species B adenoviruses.
著者: Cupelli, K. / Muller, S. / Persson, B.D. / Jost, M. / Arnberg, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2009年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	3l89_validation.cif.gz	168 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l89	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l88C 2o39S 1ckl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yua-1 22757 5k5s-d 9210 6mw7-2 22027 21428 22758 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (15) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

G: Fiber protein

H: Fiber protein

I: Fiber protein

J: Fiber protein

K: Fiber protein

L: Fiber protein

M: Membrane cofactor protein

N: Membrane cofactor protein

O: Membrane cofactor protein

P: Membrane cofactor protein

Q: Membrane cofactor protein

R: Membrane cofactor protein

S: Membrane cofactor protein

T: Membrane cofactor protein

U: Membrane cofactor protein

V: Membrane cofactor protein

W: Membrane cofactor protein

X: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

442 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

M: Membrane cofactor protein

N: Membrane cofactor protein

O: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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2

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

P: Membrane cofactor protein

Q: Membrane cofactor protein

R: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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3

G: Fiber protein

H: Fiber protein

I: Fiber protein

S: Membrane cofactor protein

T: Membrane cofactor protein

U: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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4

J: Fiber protein

K: Fiber protein

L: Fiber protein

V: Membrane cofactor protein

W: Membrane cofactor protein

X: Membrane cofactor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.530, 107.710, 154.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.01, 90.10, 104.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
2	1	1	chain B and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
3	1	1	chain C and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
1	1	2	chain D and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
2	1	2	chain E and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
3	1	2	chain F and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
1	1	3	chain G and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
2	1	3	chain H and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
3	1	3	chain I and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
1	1	4	chain J and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
2	1	4	chain K and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
3	1	4	chain L and (resseq 131:145 or resseq 153:220 or resseq...
1	1	5	chain M and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
2	1	5	chain N and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
3	1	5	chain O and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
1	1	6	chain P and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:62 )
2	1	6	chain Q and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:62 )
3	1	6	chain R and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:62 )
1	1	7	chain S and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
2	1	7	chain T and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
3	1	7	chain U and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
1	1	8	chain V and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
2	1	8	chain W and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
3	1	8	chain X and (resseq 1:20 or resseq 26:40 or resseq 46:61 )
1	1	9	chain M and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
2	1	9	chain N and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
3	1	9	chain O and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
1	1	10	chain P and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
2	1	10	chain Q and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
3	1	10	chain R and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
1	1	11	chain S and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
2	1	11	chain T and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
3	1	11	chain U and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
1	1	12	chain V and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
2	1	12	chain W and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )
3	1	12	chain X and (resseq 64:78 or resseq 86:126 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質

Fiber protein

分子量: 22218.797 Da / 分子数: 12 / 断片: Ad21 fiber knob (UNP residues 123-323) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human adenovirus 21 (ヒトアデノウイルス)
株: 2145 / 遺伝子: 32608, L5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q2KS96

#2: タンパク質

Membrane cofactor protein / Trophoblast leukocyte common antigen / TLX

分子量: 14517.551 Da / 分子数: 12 / 断片: CD46 SCR1 and SCR2 domains (UNP residues 35-160) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 9606, CD46, MCP, MIC10 / プラスミド: PBJ5
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-Lec3281 / 参照: UniProt: P15529

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 6% PEG 8000, 0.1M LiCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日
放射	モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→48 Å / Num. obs: 71365 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 57.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6_288	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ad21 fiber knob model, PDB ENTRY 2O39: CD46 SCR1-SCR2

2o39

解像度: 3.5→47.991 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	3574	5.01 %
R_work	0.2037	-	-
obs	0.2055	71363	96.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 10.956 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.1802 Å²	-16.1912 Å²	-0.2235 Å²
2-	-	7.3689 Å²	-0.3624 Å²
3-	-	-	-16.5491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28961	0	56	0	29017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	29807
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	40613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.781	10464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	4522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5237

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1282	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1282	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	3	C	1282	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	1	D	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	3	F	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
3	1	G	1288	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	H	1288	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
3	3	I	1291	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
4	1	J	1284	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	K	1284	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
4	3	L	1287	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
5	1	M	404	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	N	404	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
5	3	O	404	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
6	1	P	392	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	Q	392	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
6	3	R	404	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
7	1	S	379	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	T	379	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
7	3	U	383	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
8	1	V	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	W	405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
8	3	X	409	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02
9	1	M	425	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	N	425	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
9	3	O	433	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
10	1	P	430	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	Q	430	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
10	3	R	430	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
11	1	S	438	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	T	438	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
11	3	U	430	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
12	1	V	426	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	W	426	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
12	3	X	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5461	0.3263	113	0.2676	2066	X-RAY DIFFRACTION	75
3.5461-3.5946	0.4104	105	0.2887	2002	X-RAY DIFFRACTION	75
3.5946-3.646	0.3025	109	0.2815	2044	X-RAY DIFFRACTION	75
3.646-3.7004	0.3188	136	0.2697	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7004-3.7582	0.2927	145	0.2508	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7582-3.8197	0.2777	143	0.2418	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8197-3.8856	0.2621	140	0.2428	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8856-3.9562	0.2568	138	0.2238	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9562-4.0323	0.236	144	0.2096	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0323-4.1145	0.2502	143	0.2054	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1145-4.2039	0.2112	137	0.1861	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2039-4.3017	0.2026	144	0.1839	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3017-4.4092	0.2139	139	0.1787	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4092-4.5283	0.2059	142	0.1769	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5283-4.6614	0.185	141	0.16	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6614-4.8118	0.2097	142	0.1694	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8118-4.9836	0.2102	144	0.1736	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9836-5.1829	0.2043	140	0.1677	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1829-5.4185	0.2083	142	0.1766	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4185-5.7037	0.2253	141	0.1732	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7037-6.0604	0.2127	140	0.1777	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0604-6.5273	0.2348	143	0.1854	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5273-7.1822	0.2202	142	0.175	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1822-8.217	0.1821	140	0.1621	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
8.217-10.3355	0.192	141	0.171	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
10.3355-47.9954	0.2205	140	0.2254	2681	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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