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万見
- PDB-1mzu: Crystal Structure of the Photoactive Yellow Protein Domain from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzu
タイトルCrystal Structure of the Photoactive Yellow Protein Domain from the Sensor Histidine Kinase Ppr from Rhodospirillum centenum
要素PPR
キーワードSIGNALING PROTEIN / photoactive yellow protein / PAS / PYP / Ppr
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Photoactive yellow-protein / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...: / Photoactive yellow-protein / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum centenum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rajagopal, S. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Photoactive Yellow Protein from a Sensor Histidine Kinase: Conformational Variability and Signal Transduction
著者: Rajagopal, S. / Moffat, K.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPR
B: PPR
C: PPR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0366
ポリマ－43,5433
非ポリマー4923
水2,054114
1
A: PPR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6792
ポリマ－14,5141
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PPR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6792
ポリマ－14,5141
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PPR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6792
ポリマ－14,5141
非ポリマー1641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.560, 143.070, 36.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PPR


分子量: 14514.385 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum centenum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2W8
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 36% PEG 6K, 10 mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
236 %PEG60001reservoir
310 mMMES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.86 Å / Num. all: 19081 / Num. obs: 19081 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 62.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 19047 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.04 Å / % possible obs: 78.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.86 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.269 1835 Random
Rwork0.245 --
obs0.247 19047 -
all-19081 -
原子変位パラメータBiso mean: 43.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.987 Å20 Å20.641 Å2
2--5.779 Å20 Å2
3---1.208 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2559 0 33 114 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.64
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 211 -
Rwork0.358 --
obs-1966 62.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: water_rep.param
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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