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- PDB-1mqk: Crystal structure of the unliganded Fv-fragment of the anti-cytoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mqk
タイトルCrystal structure of the unliganded Fv-fragment of the anti-cytochrome C oxidase antibody 7E2
要素
  • antibody 7E2 FV fragment, heavy chain
  • antibody 7E2 FV fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / membrane protein / cytochrome C oxidase / high-resolution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-V region MOPC 149 / Ig heavy chain V region 5-84
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Harrenga, A. / Ostermeier, C. / Michel, H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: 1.3 A X-ray structure of an antibody Fv fragment used for induced membrane-protein crystallization.
著者: Essen, L.O. / Harrenga, A. / Ostermeier, C. / Michel, H.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystals of an antibody Fv fragment against an integral membrane protein diffracting to 1.28 resolution
著者: Ostermeier, C. / Essen, L.-O. / Michel, H.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Fv fragment-mediated crystallization of the membrane protein bacterial cytochrome C oxidase
著者: Ostermeier, C. / Iwata, S. / Ludwig, B. / Michel, H.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure at 2.8 resolution of cytochrome C oxidase from Paracoccus denitrificans
著者: Iwata, S. / Ostermeier, C. / Ludwig, B. / Michel, H.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The cytochrome C oxidase from Paracoccus denitrificans does not change the metal center upon reduction
著者: Harrenga, A. / Michel, H.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Structure at 2.7 resolution of the Paracoccus denitrificans two-subunit cytochrome C oxidase complexed with an antibody Fv fragment
著者: Ostermeier, C. / Harrenga, A. / Ermler, U. / Michel, H.
履歴
登録2002年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
Remark 999SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR, THE SEQUENCE FOR THE HEAVY AND LIGHT CHAINS OF ANTIBODY 7E2 HAS ...SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR, THE SEQUENCE FOR THE HEAVY AND LIGHT CHAINS OF ANTIBODY 7E2 HAS NOT BEEN DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE. SOME SEQUENCE INFORMATION IS PRESENT IN PDB ENTRY 1QLE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody 7E2 FV fragment, light chain
H: antibody 7E2 FV fragment, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5862
ポリマ－27,5862
非ポリマー00
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.436, 56.045, 99.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 antibody 7E2 FV fragment, light chain


分子量: 13260.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P01636
#2: 抗体 antibody 7E2 FV fragment, heavy chain


分子量: 14324.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P18525
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6
詳細: sodium phosphate, pH 6.0, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein11
2100 mMsodium phosphate11pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→22.5 Å / Num. obs: 64251 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.4 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 1.28→1.31 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 63.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 178789 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
X-PLORモデル構築
SHELXL精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QLE

1qle


解像度: 1.28→8 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used weighted full matrix least squares procedure of SHELX-93 to generate model. Only isotropic model provided
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.196 1922 random
Rwork0.136 --
all0.136 64005 -
obs0.136 64005 -
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å / Luzzati sigma a obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 0 318 2193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.28
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d28.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.28
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg28.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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