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万見
- PDB-1qle: CRYO-STRUCTURE OF THE PARACOCCUS DENITRIFICANS FOUR-SUBUNIT CYTOC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qle
タイトルCRYO-STRUCTURE OF THE PARACOCCUS DENITRIFICANS FOUR-SUBUNIT CYTOCHROME C OXIDASE IN THE COMPLETELY OXIDIZED STATE COMPLEXED WITH AN ANTIBODY FV FRAGMENT
要素
  • (CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE ...) x 3
  • CCYTOCHROME C OXIDASE
  • HEAVY CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT
  • LIGHT CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT
キーワードOXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-ANTIBODY) / ELECTRON TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / CYTOCHROME OXIDASE / ANTIBODY COMPLEX / OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding ...aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III domain ...Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / : / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 4 / Cytochrome c oxidase subunit 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3 Å
データ登録者Harrenga, A. / Michel, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The Cytochrome C Oxidase from Paracoccus Denitrificans Does not Change the Metal Center Ligation Upon Reduction
著者: Harrenga, A. / Michel, H.
履歴
登録1999年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.02022年5月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I-BETA
B: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II
C: CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III
D: CCYTOCHROME C OXIDASE
H: HEAVY CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT
L: LIGHT CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,42014
ポリマ－148,8486
非ポリマー3,5728
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24580 Å2
ΔGint-229.6 kcal/mol
Surface area61150 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)205.200, 205.200, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
詳細THE CRYSTAL STRUCTURE SHOWS A CRYSTAL PACKING ARRANGEMENT WHERETHERE IS CONTACT BETWEEN CHAINS C AND H GIVING A CYCLICPACKING WITHCHAIN- H ... (CHAIN-C...CHAIN-H) ... CHAIN-C(Y,-X,Z ) ASU: X,Y,Z (-Y,X,Z)

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要素

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CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I-BETA / CYTOCHROME AA3 SUBUNIT 1-BETA


分子量: 60354.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 参照: UniProt: P98002, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE II / CYTOCHROME AA3 SUBUNIT 2 / OXIDASE AA(3) SUBUNIT 2


分子量: 27972.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 参照: UniProt: P08306, cytochrome-c oxidase
#3: タンパク質 CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE III / CYTOCHROME AA3SUBUNIT 3 / OXIDASE AA(3) SUBUNIT 3


分子量: 30676.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 参照: UniProt: P06030, cytochrome-c oxidase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド CCYTOCHROME C OXIDASE / CYTOCHROME AA3


分子量: 4701.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASMIC MEMBRANE / 参照: UniProt: P77921, cytochrome-c oxidase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 HEAVY CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT


分子量: 13356.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#6: 抗体 LIGHT CHAIN ANTIBODY FV FRAGMENT


分子量: 11786.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

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非ポリマー , 6種, 8分子

#7: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#8: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#11: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#12: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF VH AND VL IS DESCRIBED IN THE FOLLOWING REFERENCE, OSTERMEIER C. ET AL. (1995) ...THE SEQUENCE OF VH AND VL IS DESCRIBED IN THE FOLLOWING REFERENCE, OSTERMEIER C. ET AL. (1995) PROTEINS 21: 74-77. THE NCBI REFERENCE LOCUS FOR CHAIN H IS 2914143 THE NCBI REFERENCE LOCUS FOR CHAIN L IS 2914144

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1400 mMammonium acetate1reservoir
27 %1reservoirMe2SO
310-14 %mPEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9875
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 64653 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 9.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 165650

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 5840810 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1975 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 39276 66.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10529 0 233 0 10762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 203 5.4 %
Rwork0.282 3561 -
obs--38.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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