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- PDB-6onb: Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, monocli... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6onb | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, monoclinic form | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL ADHESION / Cell surface receptor / Immunoglobulin superfamily / Nervous system / Heterodimer | |||||||||
Function / homology | ![]() Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization ...Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization / neuron projection / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cheng, S. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence. Authors: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 166 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 347.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6on6C ![]() 6on9SC ![]() 6pllC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 14297.955 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13242.910 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 409 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2019 |
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.696→100 Å / Num. obs: 65564 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 10243 / CC1/2: 0.812 / Rrim(I) all: 0.692 / % possible all: 93.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6ON9 Resolution: 1.696→89.733 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 21.03
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.696→89.733 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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