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万見
- PDB-1mq8: Crystal structure of alphaL I domain in complex with ICAM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mq8
タイトルCrystal structure of alphaL I domain in complex with ICAM-1
要素
  • Integrin alpha-L
  • intercellular adhesion molecule-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig superfamily / Rossmann fold / metal mediated protein interface
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / memory T cell extravasation / T cell antigen processing and presentation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / memory T cell extravasation / T cell antigen processing and presentation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / membrane to membrane docking / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / adhesion of symbiont to host / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / establishment of endothelial barrier / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Interleukin-10 signaling / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to glucose stimulus / cell-cell adhesion / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / virus receptor activity / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Immunoglobulin domain / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intercellular adhesion molecule 1 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shimaoka, M. / Xiao, T. / Liu, J.-H. / Yang, Y. / Dong, Y. / Jun, C.-D. / McCormack, A. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Takagi, J. ...Shimaoka, M. / Xiao, T. / Liu, J.-H. / Yang, Y. / Dong, Y. / Jun, C.-D. / McCormack, A. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Takagi, J. / Wang, J.-H. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Structures of the aL I domain and its complex with ICAM-1 reveal a shape-shifting pathway for integrin regulation
著者: Shimaoka, M. / Xiao, T. / Liu, J.-H. / Yang, Y. / Dong, Y. / Jun, C.-D. / McCormack, A. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Takagi, J. / Wang, J.-H. / Springer, T.A.
履歴
登録2002年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: intercellular adhesion molecule-1
B: Integrin alpha-L
C: intercellular adhesion molecule-1
D: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,26114
ポリマ－103,6304
非ポリマー2,63110
水724
1
A: intercellular adhesion molecule-1
B: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1307
ポリマ－51,8152
非ポリマー1,3165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2
C: intercellular adhesion molecule-1
D: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1307
ポリマ－51,8152
非ポリマー1,3165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.560, 62.868, 81.517
Angle α, β, γ (deg.)95.39, 106.67, 90.00
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
詳細chain A and B form a biological complex, so do chain C and D. Chain A and C also form a biological dimer.

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 intercellular adhesion molecule-1 / ICAM-1 / CD54 antigen / Major group rhinovirus receptor


分子量: 31623.771 Da / 分子数: 2 / 断片: domains 1 and 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM-1 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His / 発現宿主: Schneider S2 insect cells / 株 (発現宿主): Schneider S2 insect cells / 参照: UniProt: P05362
#2: タンパク質 Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / Leukocyte function associated molecule 1 / ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / Leukocyte function associated molecule 1 / alpha chain / CD11a


分子量: 20191.178 Da / 分子数: 2 / 断片: Integrin alphaL I domain / Mutation: L186C, F324C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LFA-1 (AlphaLbeta2) / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20701

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糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-20 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 25280 / Num. obs: 23330 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 469 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 70.7
反射
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 12338 / Num. measured all: 23330
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IC1

1ic1


解像度: 3.3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood refinement target
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 577 5 %random
Rwork0.264 ---
all0.28 13251 --
obs0.28 11448 86.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.7 Å20.12 Å28.64 Å2
2--2 Å2-1.43 Å2
3---26.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.9 Å0.87 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5680 0 170 4 5854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015638
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74184
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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