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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mkf | ||||||
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タイトル | VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS 68 | ||||||
要素 | M3 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / HERPESVIRUS / VIRAL IMMUNE EVASION / CHEMOKINE BINDING PROTEIN / DECOY RECEPTOR / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Alexander, J.M. / Fremont, D.H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002 タイトル: Structural Basis of Chemokine Sequestration by a Herpesvirus Decoy Receptor 著者: Alexander, J.M. / Nelson, C.A. / Van Berkel, V. / Lau, E.K. / Studts, J.M. / Brett, T.J. / Speck, S.H. / Handel, T.M. / Virgin, H.W. / Fremont, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mkf.cif.gz | 154.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mkf.ent.gz | 128.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mkf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mkf_validation.pdf.gz | 372.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mkf_full_validation.pdf.gz | 386.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mkf_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mkf_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/1mkf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41826.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Rhadinovirus / 遺伝子: M3 / プラスミド: pFB-1 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O41925 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 18% PEG4000, 100MM CACL2, 100MM IMIDAZOLE/MALIC ACID PH 5.1, pH 5.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 43484 / Num. obs: 43484 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 133215 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.346 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 25464.2 / Data cutoff high rms absF: 25464.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 57.7995 Å2 / ksol: 0.341932 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 2506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å |