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- PDB-1mix: Crystal structure of a FERM domain of Talin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mix
タイトルCrystal structure of a FERM domain of Talin
要素Talin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FOCAL ADHESION / INTEGRIN BINDING / FERM DOMAIN / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


ruffle / structural constituent of cytoskeleton / cell-cell adhesion / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / focal adhesion / cell surface / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin IBS2B domain / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / Acyl-CoA Binding Protein / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Garcia-Alvarez, B. / de Pereda, J.M. / Calderwood, D.A. / Ulmer, T.S. / Critchley, D. / Campbell, I.D. / Ginsberg, M.H. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural determinants of integrin recognition by talin
著者: Garcia-Alvarez, B. / de Pereda, J.M. / Calderwood, D.A. / Ulmer, T.S. / Critchley, D. / Campbell, I.D. / Ginsberg, M.H. / Liddington, R.C.
履歴
登録2002年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE OF CHICKEN TALIN IS NOT AVAILABLE IN ANY REFERENCE ...SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCE OF CHICKEN TALIN IS NOT AVAILABLE IN ANY REFERENCE DATABASE. THE SEQUENCE HAS BEEN DESCRIBED IN THE PUBLICATION: Hemmings, L., Rees, D.J.G., Ohanian, V., Bolton, S.J., Gilmore, A.P., Patel, N., Priddle, H., Trevithick, J.E., Hynes, R.O., & Critchley, D.R. (1996). Talin contains three actin-binding sites each of which is adjacent to a vinculin-binding site. J. Cell Sci., 109, 2715-2726. AUTHORS ALSO INFORMED THAT RESIDUE MET 195 IS A CLONING ARTIFACT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8871
ポリマ－23,8871
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.439, 55.970, 68.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Talin


分子量: 23886.531 Da / 分子数: 1
断片: Second and third subdomains of FERM domain (Residues 196-400)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54939
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.43 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MTris-HCl1reservoirpH7.0
220 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
310 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.0
5150 mM1dropNaCl
62 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.34 Å / Num. all: 21531 / Num. obs: 18077 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / % possible all: 37.9
反射
*PLUS
% possible obs: 91.5 % / Num. measured all: 51869 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 49.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1340819.41 / Data cutoff high rms absF: 1340819.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 898 4.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 17950 85.7 %-
all-21531 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1325 Å2 / ksol: 0.401991 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å24.57 Å2
2---2.44 Å20 Å2
3---3.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 0 173 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.552.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 51 3.8 %
Rwork0.238 1293 -
obs--37.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection Rfree: 878
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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