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- PDB-3zw1: Structure of Bambl lectine in complex with lewix x antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zw1
タイトルStructure of Bambl lectine in complex with lewix x antigen
要素(BAMBL LECTIN) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / FUCOSE BINDING LECTIN
機能・相同性Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / alpha-D-galactopyranose / Fucose-binding lectin protein / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種BURKHOLDERIA AMBIFARIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Audfray, A. / Claudinon, J. / Abounit, S. / Ruvoen-Clouet, N. / Larson, G. / Wimmerova, M. / Lependu, J. / Romer, W. / Varrot, A. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Deciphering the Glycan Preference of Bacterial Lectins by Glycan Array and Molecular Docking with Validation by Microcalorimetry and Crystallography.
著者: Topin, J. / Arnaud, J. / Sarkar, A. / Audfray, A. / Gillon, E. / Perez, S. / Jamet, H. / Varrot, A. / Imberty, A. / Thomas, A.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAMBL LECTIN
B: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0887
ポリマ－18,7902
非ポリマー2,2985
水4,270237
1
A: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子

A: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子

A: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3869
ポリマ－28,2093
非ポリマー3,1776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area5260 Å2
ΔGint-37.3 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
2
B: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子

B: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子

B: BAMBL LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,87912
ポリマ－28,1613
非ポリマー3,7179
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area5110 Å2
ΔGint-36.6 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.440, 81.440, 81.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2003-

HOH

21A-2004-

HOH

31A-2008-

HOH

41B-2002-

HOH

51B-2004-

HOH

61B-2027-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.94918, 0.24442, -0.19829), (-0.24967, -0.20113, 0.94721), (0.19163, 0.94858, 0.25194)
ベクター: 10.78935, -35.84144, -7.33737)

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BAMBL LECTIN


分子量: 9403.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA AMBIFARIA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: B1Z019, UniProt: Q0B4G1*PLUS
#2: タンパク質 BAMBL LECTIN


分子量: 9387.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA AMBIFARIA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: B1Z019, UniProt: Q0B4G1*PLUS

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糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 691.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-1/a3-b1_b3-c1_b4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 237分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 28 % PEG 6000, 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 200MM TRISODIUM CITRATE. 10% ETHYLENE GLYCOL WAD ADDED AS CRYOPROTECTANT PRIOR TO FREEZING

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.1399
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.72 Å / Num. obs: 23162 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZW0

3zw0


解像度: 1.6→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.263 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18904 1180 5.1 %RANDOM
Rwork0.15331 ---
obs0.1551 21930 96.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1323 0 156 237 1716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9952155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89432275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8925181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42623.22662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.6215178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.653158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1770.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0811.5877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2891.5377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88221398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3053679
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3714.5756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 77 -
Rwork0.203 1308 -
obs--79.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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