PDB-5h6i: Crystal Structure of GBS CAMP Factor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h6i

タイトル

Crystal Structure of GBS CAMP Factor

要素

Protein B

キーワード

TOXIN / Pore forming toxin

機能・相同性

CAMP factor / CAMP factor (Cfa) / IgG binding / extracellular region / Protein B

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Jin, T.C. / Brefo-Mensah, E.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of theStreptococcus agalactiaeCAMP factor provides insights into its membrane-permeabilizing activity.
著者: Jin, T. / Brefo-Mensah, E. / Fan, W. / Zeng, W. / Li, Y. / Zhang, Y. / Palmer, M.

履歴

登録	2016年11月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2019年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h6i.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h6i.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h6i_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h6i_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	5h6i_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	5h6i_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3c2f-d 6jlc-d 4dcf-1 4f87-d 1miz-d 1zzj-d 1u00-d 2p4v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein B

B: Protein B

C: Protein B

ヘテロ分子

81.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein B

登録者が定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.950, 116.050, 72.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- SO4
2	1	A-302- SO4

#1: タンパク質	Protein B / cAMP factor 分子量: 27037.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09879
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M NH4NO3, 20% PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 54560 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.756 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / CC_1/2: 0.784 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2481	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→48.917 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	3779	6.93 %
R_work	0.2337	-	-
obs	0.2372	54560	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.917 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4956	0	28	35	5019

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.435	6821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.052	3135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	840
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4502-2.4812	0.4228	136	0.3932	1795	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4812-2.5138	0.4253	140	0.3392	1876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5138-2.5483	0.3277	138	0.3351	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5483-2.5847	0.3817	144	0.306	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.6233	0.3676	139	0.3129	1843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6233-2.6642	0.397	136	0.317	1889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6642-2.7079	0.3785	142	0.3025	1903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7079-2.7546	0.4295	136	0.3036	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7546-2.8047	0.3856	144	0.2969	1898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8047-2.8586	0.2882	143	0.2896	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8586-2.917	0.3443	142	0.3002	1937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.917-2.9804	0.3773	136	0.2896	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9804-3.0497	0.3042	141	0.3139	1917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0497-3.126	0.3326	143	0.2904	1883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.2105	0.3682	141	0.2778	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2105-3.3049	0.3329	141	0.2731	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3049-3.4116	0.3412	141	0.2661	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4116-3.5335	0.3553	138	0.2598	1874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5335-3.6749	0.255	142	0.2453	1889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6749-3.8421	0.2836	136	0.2286	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8421-4.0446	0.2535	142	0.2179	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0446-4.2978	0.2847	139	0.196	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2978-4.6294	0.2618	140	0.1914	1861	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6294-5.0949	0.2526	142	0.1881	1902	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0949-5.8311	0.2635	138	0.2224	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8311-7.3426	0.2714	139	0.2279	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3426-48.9272	0.1681	140	0.1546	1876	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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