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- PDB-6jlc: Structure determination of CAMP factor of Mobiluncus curtisii and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jlc
タイトルStructure determination of CAMP factor of Mobiluncus curtisii and insight into structural dynamics
要素CAMP factor
キーワードTOXIN / Bacterial vaginosis / Mobiluncus curtisii / pore-forming-factor / hemolytic reaction.
機能・相同性CAMP factor / CAMP factor (Cfa) / ACETATE ION / cAMP factor
機能・相同性情報
生物種Mobiluncus curtisii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Jin, T.C. / Zeng, W.H.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Structure determination of CAMP factor of Mobiluncus curtisii and insights into structural dynamics.
著者: Zeng, W. / Ma, H. / Fan, W. / Yang, Y. / Zhang, C. / Arnaud Kombe Kombe, J. / Fan, X. / Zhang, Y. / Dong, Z. / Shen, Z. / Zhou, Y. / Yang, M. / Jin, T.
履歴
登録2019年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6292
ポリマ－25,5701
非ポリマー591
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.670, 75.670, 192.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-459-

HOH

31A-539-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CAMP factor


分子量: 25569.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mobiluncus curtisii (strain ATCC 43063 / DSM 2711 / V125) (バクテリア)
株: ATCC 43063 / DSM 2711 / V125 / 遺伝子: HMPREF0573_10472 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6ZJ92
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 8000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen steam / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.847→45.799 Å / Num. obs: 28725 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.09 % / Biso Wilson estimate: 38.929 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.0066 / Net I/σ(I): 32.75
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 15 % / Num. unique obs: 2010 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H6I

5h6i


解像度: 1.847→45.799 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1457 5.07 %
Rwork0.1956 --
obs0.1972 28724 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→45.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 4 171 1913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6712414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.9381483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8472-1.91320.34991420.31962577X-RAY DIFFRACTION98
1.9132-1.98980.28721320.24592692X-RAY DIFFRACTION100
1.9898-2.08040.23781500.21632634X-RAY DIFFRACTION100
2.0804-2.19010.26481440.19922691X-RAY DIFFRACTION100
2.1901-2.32730.24151600.20452689X-RAY DIFFRACTION100
2.3273-2.5070.23271260.20272722X-RAY DIFFRACTION100
2.507-2.75920.25171540.20382705X-RAY DIFFRACTION100
2.7592-3.15840.20271490.2032757X-RAY DIFFRACTION100
3.1584-3.97890.22281430.18382805X-RAY DIFFRACTION100
3.9789-8.260.20931570.17672995X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.6689 Å / Origin y: -11.3453 Å / Origin z: 8.8673 Å
111213212223313233
T0.3181 Å2-0.0003 Å2-0.0745 Å2-0.1479 Å2-0.0166 Å2--0.233 Å2
L1.3002 °20.2915 °2-0.0438 °2-0.5255 °2-0.1886 °2--0.2494 °2
S0.0628 Å °-0.0482 Å °0.0144 Å °-0.0731 Å °-0.0107 Å °0.187 Å °0.0017 Å °0.0203 Å °-0.0418 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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