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- PDB-6y5p: RING-DTC domain of Deltex1 bound to NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y5p
タイトルRING-DTC domain of Deltex1 bound to NAD
要素E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
キーワードLIGASE / Ubiquitination / E3 RING ligase / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell differentiation / regulation of Notch signaling pathway / glial cell differentiation / Notch binding / T cell differentiation / negative regulation of neuron differentiation / Notch signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / RING-type E3 ubiquitin transferase ...negative regulation of T cell differentiation / regulation of Notch signaling pathway / glial cell differentiation / Notch binding / T cell differentiation / negative regulation of neuron differentiation / Notch signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / RING-type E3 ubiquitin transferase / SH3 domain binding / ubiquitin protein ligase activity / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / protein ubiquitination / nuclear body / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enolase-like; domain 1 - #130 / Deltex, C-terminal / Deltex family / Deltex, C-terminal domain superfamily / Deltex C-terminal domain / WWE domain, subgroup / Domain in Deltex and TRIP12 homologues. Possibly involved in regulation of ubiquitin-mediated proteolysis. / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain ...Enolase-like; domain 1 - #130 / Deltex, C-terminal / Deltex family / Deltex, C-terminal domain superfamily / Deltex C-terminal domain / WWE domain, subgroup / Domain in Deltex and TRIP12 homologues. Possibly involved in regulation of ubiquitin-mediated proteolysis. / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Enolase-like; domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Huang, D.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKA23278 英国
European Research Council (ERC)647849 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural insights into ADP-ribosylation of ubiquitin by Deltex family E3 ubiquitin ligases.
著者: Chatrin, C. / Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Nakasone, M.A. / Ahmed, S.F. / Sumpton, D. / Sibbet, G.J. / Smith, B.O. / Huang, D.T.
履歴
登録2020年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
B: E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,22516
ポリマ－52,1392
非ポリマー2,08514
水7,566420
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,23610
ポリマ－26,0701
非ポリマー1,1679
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase DTX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9886
ポリマ－26,0701
非ポリマー9185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.850, 85.254, 130.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))
21(chain B and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSHISHIS(chain A and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))AA388 - 5353 - 150
12TYRTYRALAALA(chain A and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))AA537 - 598152 - 213
13TYRTYRGLUGLU(chain A and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))AA600 - 615215 - 230
21LYSLYSHISHIS(chain B and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))BB388 - 5353 - 150
22TYRTYRALAALA(chain B and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))BB537 - 598152 - 213
23TYRTYRGLUGLU(chain B and (resid 388 through 535 or resid 537 through 598 or resid 600 through 615))BB600 - 615215 - 230

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase DTX1 / Protein deltex-1 / hDTX1 / RING-type E3 ubiquitin transferase DTX1


分子量: 26069.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DTX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86Y01, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.16M Calcium acetate hydrate, 0.08MSodium cacodylate pH 6.5, 14.4% w/v PEG 8000, 20% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→66.85 Å / Num. obs: 148052 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.33 / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.334 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5662 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.898 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y5N

6y5n


解像度: 1.74→65.475 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 7180 4.85 %
Rwork0.1853 140872 -
obs0.1867 148052 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.3 Å2 / Biso mean: 44.4615 Å2 / Biso min: 18.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→65.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3581 0 224 420 4225
Biso mean--63.59 46.86 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1035170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6132244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2675X-RAY DIFFRACTION13.616TORSIONAL
12B2675X-RAY DIFFRACTION13.616TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.74-1.75970.3272700.3412465198
1.7597-1.78040.33682390.3248461399
1.7804-1.80210.35332520.31334712100
1.8021-1.82490.34912340.30734622100
1.8249-1.84890.29782570.30084732100
1.8489-1.87420.31882080.29144705100
1.8742-1.9010.30022710.27654722100
1.901-1.92940.25732020.26054729100
1.9294-1.95950.25732300.24334707100
1.9595-1.99170.21392100.23794658100
1.9917-2.0260.24612580.22054742100
2.026-2.06290.22522310.21244677100
2.0629-2.10250.24132550.21094685100
2.1025-2.14540.23062080.20114749100
2.1454-2.19210.23962340.20514640100
2.1921-2.24310.24792110.2074757100
2.2431-2.29920.25972620.19374702100
2.2992-2.36140.22442310.19454682100
2.3614-2.43090.20712770.18894642100
2.4309-2.50930.23842560.18624710100
2.5093-2.5990.2152680.17894673100
2.599-2.70310.18232190.17344734100
2.7031-2.82610.22742100.17594735100
2.8261-2.97510.23472580.17454670100
2.9751-3.16150.1872470.17274726100
3.1615-3.40560.21952490.16134669100
3.4056-3.74830.19912390.1644691100
3.7483-4.29050.17022100.1454728100
4.2905-5.40520.1562540.14264697100
5.4052-65.4750.20222300.19384712100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 72.0985 Å / Origin y: 47.504 Å / Origin z: 11.2288 Å
111213212223313233
T0.1985 Å20.0027 Å20.0072 Å2-0.1852 Å20.0152 Å2--0.1924 Å2
L0.7301 °20.1556 °2-0.3682 °2-0.2459 °2-0.2222 °2--0.8802 °2
S-0.0918 Å °-0.0264 Å °-0.1477 Å °-0.0927 Å °0.0374 Å °-0.0606 Å °0.2148 Å °0.0144 Å °0.0433 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA388 - 615
2X-RAY DIFFRACTION1allA701 - 1301
3X-RAY DIFFRACTION1allB388 - 616
4X-RAY DIFFRACTION1allB701 - 901
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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