ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MADNESS | | データ収集 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | MADNESS | | データ削減 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EC5 解像度: 2.5→18.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 336592.54 / Data cutoff high rms absF: 336592.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.266 | 224 | 7 % | RANDOM |
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Rwork | 0.222 | - | - | - |
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all | 0.227 | 3229 | - | - |
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obs | 0.222 | 3199 | 93.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0375 Å2 / ksol: 0.389022 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 10.24 Å2 | 0 Å2 | -5.93 Å2 |
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2- | - | -3.39 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.85 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.37 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.44 Å | 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→18.21 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 882 | 0 | 2 | 13 | 897 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d17.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.72 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.31 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.51 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it6.18 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it8.05 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.35 | 41 | 7.6 % |
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Rwork | 0.255 | 496 | - |
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obs | - | - | 95.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg17.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.72 | | | | |
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