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- PDB-1mdm: INHIBITED FRAGMENT OF ETS-1 AND PAIRED DOMAIN OF PAX5 BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdm
タイトルINHIBITED FRAGMENT OF ETS-1 AND PAIRED DOMAIN OF PAX5 BOUND TO DNA
要素
  • (PAX5/ETS BINDING SITE ON THE MB-1 PROMOTER) x 2
  • C-ETS-1 PROTEIN
  • PAIRED BOX PROTEIN PAX-5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / ternary complex / autoinhibition / ETS domain / Paired domain / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Oncogene Induced Senescence / lateral ventricle development / regulation of extracellular matrix disassembly / embryonic cranial skeleton morphogenesis / histone acetyltransferase binding / immune system process / adult behavior / skeletal muscle cell differentiation / regulation of angiogenesis ...RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Oncogene Induced Senescence / lateral ventricle development / regulation of extracellular matrix disassembly / embryonic cranial skeleton morphogenesis / histone acetyltransferase binding / immune system process / adult behavior / skeletal muscle cell differentiation / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / B cell differentiation / cerebral cortex development / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Protein C-ets-1, pointed domain ...Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Paired box protein Pax-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garvie, C.W. / Pufall, M.A. / Graves, B.J. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: STRUCTURAL ANALYSIS OF THE AUTOINHIBITION OF ETS-1 AND ITS ROLE IN PROTEIN PARTNERSHIPS
著者: Garvie, C.W. / Pufall, M.A. / Graves, B.J. / Wolberger, C.
履歴
登録2002年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PAX5/ETS BINDING SITE ON THE MB-1 PROMOTER
D: PAX5/ETS BINDING SITE ON THE MB-1 PROMOTER
A: PAIRED BOX PROTEIN PAX-5
B: C-ETS-1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3114
ポリマ－51,3114
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.270, 171.230, 44.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 PAX5/ETS BINDING SITE ON THE MB-1 PROMOTER


分子量: 8036.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by the phosphoramidite method
#2: DNA鎖 PAX5/ETS BINDING SITE ON THE MB-1 PROMOTER


分子量: 7943.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised by the phosphoramidite method
#3: タンパク質 PAIRED BOX PROTEIN PAX-5 / B-cell specific transcription factor / BSAP


分子量: 16653.172 Da / 分子数: 1 / Fragment: PAIRED DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Pax5 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02548
#4: タンパク質 C-ETS-1 PROTEIN / p54


分子量: 18678.154 Da / 分子数: 1
Fragment: INHIBITED ETS DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 280-440
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ets-1 / プラスミド: pET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27577

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 200mM Ammonium Acetate, 10% Peg4000, 100mM Acetate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris1droppH8.0
21 mMdithiothreitol1drop
30.32 mMprotein1drop
4200 mMammonium acetate1reservoir
5100 mMacetate1reservoirpH5.0
610 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 39863 / Num. obs: 13405 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 84.6 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2937 / Rsym value: 0.116 / % possible all: 58.7
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58.7 % / Rmerge(I) obs: 0.192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1K78

1k78


解像度: 2.8→32.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The side chains for the region 88-141 of Pax5 are included in the model despite a lack of electron density to uniquely define their location. The poor definition of the amino acid sidechains ...詳細: The side chains for the region 88-141 of Pax5 are included in the model despite a lack of electron density to uniquely define their location. The poor definition of the amino acid sidechains in this region of Pax5 reflects the loss of contacts to the sugar-phosphate backbone, due to the less than optimal length of the DNA sequence used. This may explain the high B-factors obtained overall for the structure. The electron density for the side chains of residues in the region between residues 309-318 in Ets-1 was poorly defined and only the side chains for Arg309, Asp310 and Leu314 could be built.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1371 10.3 %RANDOM
Rwork0.259 ---
all0.252 14725 --
obs0.259 13354 87.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.8329 Å2 / ksol: 0.276781 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.71 Å20 Å20 Å2
2---12.07 Å20 Å2
3---0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 1060 0 0 3054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 164 11 %
Rwork0.431 1330 -
obs--59.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor Rfree: 0.31
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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