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- PDB-1k78: Pax5(1-149)+Ets-1(331-440)+DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k78
タイトルPax5(1-149)+Ets-1(331-440)+DNA
要素
  • (Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter) x 2
  • C-ets-1 Protein
  • Paired Box Protein Pax5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Paired domain / ETS domain / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Oncogene Induced Senescence / lateral ventricle development / sensory organ development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / adult behavior / skeletal muscle cell differentiation / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration ...RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / Oncogene Induced Senescence / lateral ventricle development / sensory organ development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / adult behavior / skeletal muscle cell differentiation / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / B cell differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / cerebral cortex development / negative regulation of inflammatory response / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Protein C-ets-1, pointed domain ...Paired-box protein 2 C-terminal / Paired-box protein 2 C terminal / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Paired box protein Pax-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structural studies of Ets-1/Pax5 complex formation on DNA.
著者: Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C.
履歴
登録2001年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 9 ...BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 9 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). An extra molecule (chain I) was found bound to the DNA. This is believed to be a crystallographic artifact due to a pseudo-consensus sequence. It was not observed in the second biomolecule.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
D: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
G: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
H: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
A: Paired Box Protein Pax5
B: C-ets-1 Protein
E: Paired Box Protein Pax5
F: C-ets-1 Protein
I: Paired Box Protein Pax5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1269
ポリマ－109,1269
非ポリマー00
水8,719484
1
C: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
D: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
A: Paired Box Protein Pax5
B: C-ets-1 Protein
I: Paired Box Protein Pax5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8905
ポリマ－62,8905
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
H: Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter
E: Paired Box Protein Pax5
F: C-ets-1 Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2374
ポリマ－46,2374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.840, 89.750, 170.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter


分子量: 8365.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 Pax5/Ets Binding Site on the mb-1 promoter


分子量: 8232.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Paired Box Protein Pax5


分子量: 16653.172 Da / 分子数: 3 / Fragment: Paired domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAX5 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02548
#4: タンパク質 C-ets-1 Protein


分子量: 12985.833 Da / 分子数: 2 / Fragment: ETS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ETS-1 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27577
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 50mM magnesium acetate, 200mM ammonium sulphate, 20% PEG4000, 100mM acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium acetate11
2ammonium sulphate11
3PEG400011
4acetate buffer11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.34 mMDNA1drop
250 mMmagnesium acetate1reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir
4100 mM1reservoirpH4.6
520 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-D10.9788, 0.9790, 0.9537
シンクロトロンNSLS X4A20.9117
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年6月8日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年9月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CARS-design Si(111) double-bounceMADMx-ray1
2Double Si(111) crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.9791
30.95371
40.91171
反射解像度: 2.25→45.94 Å / Num. all: 57710 / Num. obs: 57710 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 100 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→45.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3301348.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2877 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.231 56830 --
obs0.231 56830 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.0237 Å2 / ksol: 0.412224 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.39 Å20 Å20 Å2
2--6.39 Å20 Å2
3----4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4215 2202 0 484 6901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 487 5.2 %
Rwork0.243 8945 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 46.1 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.257
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 48.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.742.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.295 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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