+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k7a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ets-1(331-440)+GGAG duplex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / ETS domain / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding ...Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001 タイトル: Structural studies of Ets-1/Pax5 complex formation on DNA. 著者: Garvie, C.W. / Hagman, J. / Wolberger, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k7a.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1k7a.ent.gz | 58.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k7a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k7a_validation.pdf.gz | 457.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1k7a_full_validation.pdf.gz | 465 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k7a_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k7a_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4665.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 4489.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: タンパク質 | 分子量: 12985.833 Da / 分子数: 2 / Fragment: ETS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ets-1 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27577 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4M-1.6M Sodium Citrate, 100mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→17.04 Å / Num. all: 11730 / Num. obs: 11730 / % possible obs: 0.969 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 76.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 0.989 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.9 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→17.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 785098.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.2093 Å2 / ksol: 0.363148 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→17.04 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 17.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.274 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 52.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.396 / Rfactor Rwork: 0.355 |