[日本語] English
万見
- PDB-1mcv: Crystal Structure Analysis of a Hybrid Squash Inhibitor in Comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mcv
タイトルCrystal Structure Analysis of a Hybrid Squash Inhibitor in Complex with Porcine Pancreatic Elastase
要素
  • Elastase 1
  • HEI-TOE I
キーワードHYDROLASE / elastase-inhibitor complex / hybrid squash inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ay, J. / Hilpert, K. / Krauss, N. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of a hybrid squash inhibitor in complex with porcine pancreatic elastase at 1.8 A resolution.
著者: Ay, J. / Hilpert, K. / Krauss, N. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Atomic Resolution Structure of native porcine pancreatic elastase at 1.1 A
著者: Wurtele, M. / Hahn, M. / Hilpert, K. / Hohne, W.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1986
タイトル: X-ray crystal structure of the complex of human leukocyte elastase (PMN elastase) and the third DOMAIN OF the turkey ovomucoid inhibitor
著者: Bode, W. / Wei, A.Z. / Huber, R. / Meyer, E. / Travis, J. / Neumann, S.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: THE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND CMTI-I, A TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS (CUCURBITA MAXIMA). TOPOLOGICAL ...タイトル: THE REFINED 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN BOVINE BETA-TRYPSIN AND CMTI-I, A TRYPSIN INHIBITOR FROM SQUASH SEEDS (CUCURBITA MAXIMA). TOPOLOGICAL SIMILARITY OF THE SQUASH SEED INHIBITORS WITH THE CARBOXYPEPTIDASE A INHIBITOR FROM POTATOES
著者: Bode, W. / Greyling, H.J. / Huber, R. / Otlewski, J. / Wilusz, T.
履歴
登録2002年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND RESIDUE NUMBERING FOR ELASTASE FOLLOWS THE NUMBERING OF BOVINE CHYMOTRYPSINOGEN A.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elastase 1
I: HEI-TOE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0394
ポリマ－28,9022
非ポリマー1362
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.330, 56.440, 72.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Elastase 1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質・ペプチド HEI-TOE I / Hybrid squash inhibitor HEI-TOE 1


分子量: 2973.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized using solid phase peptide synthesis. It was constructed using the trypsin binding loop of squash inhibitor EETI II, substituted by the sequence of a ...詳細: The peptide was chemically synthesized using solid phase peptide synthesis. It was constructed using the trypsin binding loop of squash inhibitor EETI II, substituted by the sequence of a peptide that was derived from the third domain of the turkey ovomucoid inhibitor.
キーワード: trypsin binding loop of squash inhibitor EETI II, substituted by the sequence of a peptide that was derived from the third domain of the turkey ovomucoid inhibitor
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium citrate, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.02 M / 一般名: citrate / 詳細: pH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9073 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月4日
放射モノクロメーター: triangular monochromator, bent mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→14 Å / Num. all: 22112 / Num. obs: 21938 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1941 / Rsym value: 0.116 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. obs: 22112 / Num. measured all: 79096 / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 % / Num. unique obs: 1941 / Rmerge(I) obs: 0.116

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QNJ

1qnj


解像度: 1.8→14 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.221 1103 RANDOM
Rwork0.182 --
all0.184 21938 -
obs0.184 21938 -
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent / Bsol: 40.2 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6 Å20 Å20 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3----0.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 6 353 2457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0046
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.56
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.676
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.584
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.979
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.867
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.322
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 100 -
Rwork0.21 --
obs-2138 99 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 14 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.56
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.676

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る