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- PDB-1m54: CYSTATHIONINE-BETA SYNTHASE: REDUCED VICINAL THIOLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m54
タイトルCYSTATHIONINE-BETA SYNTHASE: REDUCED VICINAL THIOLS
要素CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
キーワードLYASE / PLP PROTEIN FOLD TYPE II (TRYPTOPHAN SYNTHASE) / PLP AND HEME BOUND TO PROTEIN / REDUCED VICINAL CYSTEINES
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / homocysteine metabolic process / carbon monoxide binding ...Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / homocysteine metabolic process / carbon monoxide binding / hydrogen sulfide biosynthetic process / L-serine metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / L-cysteine catabolic process / cysteine biosynthetic process / cerebellum morphogenesis / transsulfuration / DNA protection / endochondral ossification / cysteine biosynthetic process from serine / nitric oxide binding / response to folic acid / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of JNK cascade / nitrite reductase (NO-forming) activity / superoxide metabolic process / blood vessel remodeling / maternal process involved in female pregnancy / blood vessel diameter maintenance / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / cellular response to hypoxia / heme binding / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Taoka, S. / Lepore, B.W. / Kabil, O. / Ojha, S. / Ringe, D. / Banerjee, R.
引用
ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2002
タイトル: HUMAN CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE IS A HEME SENSOR PROTEIN. EVIDENCE THAT THE REDOX SENSOR IS HEME AND NOT THE VICINAL CYSTEINES IN THE CXXC MOTIF SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRUNCATED ENZYME
著者: Taoka, S. / Lepore, B.W. / Kabil, O. / Ojha, S. / Ringe, D. / Banerjee, R.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: STRUCTURE OF HUMAN CYSTATHIONINE-SYNTHASE: A UNIQUE PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE-DEPENDENT HEME PROTEIN
著者: Meier, M. / Janosik, M. / Kery, V. / Kraus, J.P. / Burkhard, P.
履歴
登録2002年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
C: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
E: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,71818
ポリマ－239,5366
非ポリマー5,18212
水1,874104
1
A: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5736
ポリマ－79,8452
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
2
C: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5736
ポリマ－79,8452
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
3
E: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5736
ポリマ－79,8452
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.740, 85.626, 97.082
Angle α, β, γ (deg.)102.01, 101.53, 112.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細the biologically relevant entity is a dimer. three dimers occupy the assymetric unit. chain A is related to chain B by the followin 3x3 matrix: ( 0.78094 -0.51950 -0.34677 ) ( -0.51627 -0.84936 0.10976 ) ( -0.35155 0.09331 -0.93151 ) translation: (-0.12746 -0.20056 -0.68113)

-
要素

#1: タンパク質
CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE / Serine sulfhydrase / Beta-thionase


分子量: 39922.727 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 44-406 / 変異: I44M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBS / 器官: blood / プラスミド: pCBS-deltaN43/deltaC143 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35520, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 323 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 10K, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
145 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1droppH8.0
318-22 %PEG100001reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1.7401, 1.7372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月16日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.74011
21.73721
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 87507 / Num. obs: 87507 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 58.127 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 53028 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 10
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 53028 / % possible obs: 93.8 % / Num. measured all: 628994 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / % possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.459

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JBQ

1jbq


解像度: 2.9→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.365 7535 -random
Rwork0.271 ---
all-87507 --
obs-79364 83.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.88 Å2-2.86 Å2-2.02 Å2
2--15.93 Å22.91 Å2
3---3.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.44 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15951 0 348 104 16403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.18
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 1110 -
Rwork0.336 --
obs-10105 63.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection all: 628994 / Num. reflection obs: 53028 / Num. reflection Rfree: 8143 / % reflection Rfree: 7.7 % / Rfactor Rfree: 0.348 / Rfactor Rwork: 0.259
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.18
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.405 / Rfactor Rwork: 0.336

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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