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- PDB-1m4j: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ADF-H DOMAIN OF MOUSE TWINFIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ADF-H DOMAIN OF MOUSE TWINFILIN ISOFORM-1
要素A6 gene product
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MIXED BETA-SHEET / PAIR OF ALPHA-HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB2 GTPase cycle / negative regulation of actin filament polymerization / barbed-end actin filament capping / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / myofibril / actin monomer binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / filopodium / cell-cell junction / actin cytoskeleton ...RHOBTB2 GTPase cycle / negative regulation of actin filament polymerization / barbed-end actin filament capping / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / myofibril / actin monomer binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / filopodium / cell-cell junction / actin cytoskeleton / protein tyrosine kinase activity / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Twinfilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Paavilainen, V.O. / Merckel, M.C. / Falck, S. / Ojala, P.J. / Pohl, E. / Wilmanns, M. / Lappalainen, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural Conservation Between the Actin Monomer-binding Sites of Twinfilin and Actin-depolymerizing Factor (ADF)/Cofilin
著者: Paavilainen, V.O. / Merckel, M.C. / Falck, S. / Ojala, P.J. / Pohl, E. / Wilmanns, M. / Lappalainen, P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Twinfilin Forms a Stable Complex with ADP-Actin Monomers Through its Carboxyl-Terminal ADF-H Domain
著者: Ojala, P.J. / Paavilainen, V.O. / Vartiainen, M.K. / Tuma, R. / Weeds, A.G. / Lappalainen, P.
#2: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2000
タイトル: Mouse A6/twinfilin is an actin monomer-binding protein that localizes to the regions of rapid actin dynamics
著者: Vartiainen, M. / Ojala, P.J. / Auvinen, P. / Peranen, J. / Lappalainen, P.
履歴
登録2002年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A6 gene product
B: A6 gene product


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5892
ポリマ－32,5892
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: A6 gene product


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2941
ポリマ－16,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.544, 74.488, 76.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 A6 gene product / TWINFILIN


分子量: 16294.358 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal ADF-H Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TWF / プラスミド: pGAT2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91YR1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M Na-Citrate, 3% PEG 400, 0.1M Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropNaCl
310 mMTris1droppH7.5
41.6 Msodium citrate1reservoir
53 %PEG4001reservoir
60.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月23日 / 詳細: Premirrors, bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 36771 / Num. obs: 36771 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3101 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 87.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 34257 / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 457961
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.66 Å / % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.255

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: A MODEL BUILT INTO THE SAD MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 29973 -RANDOM
Rwork0.2315 ---
all0.2354 33286 --
obs0.2354 33286 90.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 0 110 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23684
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4946
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81569
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 280 9.4 %
Rwork0.231 4807 -
obs-3101 10 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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