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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m1a | |||||||||
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タイトル | LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA | |||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / nucleosome / chromatin / histone / pyrrole-imidazole polyamide / DNA regognition / chromatin remodeling / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() Synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Nucleosome Core Particles in Complex with Minor Groove DNA-binding Ligands 著者: Suto, R.K. / Edayathumangalam, R.S. / White, C.L. / Melander, C. / Gottesfeld, J.M. / Dervan, P.B. / Luger, K. | |||||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDE CONSISTS OF THE FOLLOWING GROUPS LINKED BY PEPTIDE BONDS. ...HETEROGEN THE PYRROLE-IMIDAZOLE POLYAMIDE CONSISTS OF THE FOLLOWING GROUPS LINKED BY PEPTIDE BONDS. IMT-IMT-PYB-PYB-ABU-PYB-PYB-PYB-PYB-BAL-DIB IMT = 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID PYB = 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID ABU = GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID; GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID BAL = BETA-ALANINE DIB = 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) | |||||||||
Remark 999 | SEQUENCE AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANCY AT RESIDUE 86 IS A CONFLICT BETWEEN SEQUENCE AND ...SEQUENCE AUTHOR INDICATES ARG-SER DISCREPANCY AT RESIDUE 86 IS A CONFLICT BETWEEN SEQUENCE AND SEQUENCE DATABASE REFERENCE SWISSPROT ENTRY P02302. SER WAS CRYSTALLIZED AT POSITION 486,686 FOR CHAINS A,E. AUTHOR INFORMS GLY-ARG MISMATCH AT RESIDUE 899,1099 (CHAINS C,G) AND SER-THR MISMATCH AT RESIDUE 1229,1429 (CHAINS D,H) ARE VARIANTS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 332.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 250.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 498 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
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-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15320.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: h3-5 / プラスミド: PET / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC121398084 / プラスミド: PET / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13962.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC108704303 / プラスミド: PET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 241分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/IMT.gif)
![](data/chem/img/PYB.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/BAL.gif)
![](data/chem/img/DIB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IMT.gif)
![](data/chem/img/PYB.gif)
![](data/chem/img/ABU.gif)
![](data/chem/img/BAL.gif)
![](data/chem/img/DIB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PYB / #9: 化合物 | ChemComp-ABU / | #10: 化合物 | ChemComp-BAL / | #11: 化合物 | ChemComp-DIB / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used macroseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→60 Å / Num. all: 61273 / Num. obs: 58997 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / Num. obs: 61273 / % possible obs: 99.4 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AOI 解像度: 2.65→60 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→60 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / Rfactor Rwork: 0.223 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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