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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lzl | ||||||
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タイトル | Bacterial Heroin Esterase | ||||||
要素 | HEROIN ESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Larsen, N.A. / Basran, A. / Bruce, N.C. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: OBSERVATION OF AN ARSENIC ADDUCT IN AN ACETYL ESTERASE CRYSTAL STRUCTURE 著者: ZHU, X. / LARSEN, N.A. / BASRAN, A. / BRUCE, N.C. / WILSON, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence Authors state that GenBank reference sequence is incorrect for residues 159, 299, 301, 307- ...sequence Authors state that GenBank reference sequence is incorrect for residues 159, 299, 301, 307-313 and 315-322. Authors maintain that their sequence is correct and has an additional residue 323. This sequence has not yet been deposited in any sequence reference database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lzl.cif.gz | 142.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lzl.ent.gz | 112 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1lzl_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1lzl_full_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1lzl_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1lzl_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/1lzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34309.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: H1 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: O06441 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.4 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM CHLORIDE, BES, pH 6.4, EVAPORATION, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95.5 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.94641 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94641 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→26.7 Å / Num. all: 76984 / Num. obs: 76984 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 35.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LZK 解像度: 1.3→26.7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: As described in J.Mol.Biol. 91(1973) 201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.153 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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