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- PDB-1qz3: CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT M211S/R215L OF CARBOXYLESTERASE EST2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qz3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT M211S/R215L OF CARBOXYLESTERASE EST2 COMPLEXED WITH HEXADECANESULFONATE
要素CARBOXYLESTERASE EST2
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-HEXADECANOSULFONIC ACID / Hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者De Simone, G. / Mandrich, L. / Menchise, V. / Giordano, V. / Febbraio, F. / Rossi, M. / Pedone, C. / Manco, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A substrate-induced switch in the reaction mechanism of a thermophilic esterase: kinetic evidences and structural basis.
著者: De Simone, G. / Mandrich, L. / Menchise, V. / Giordano, V. / Febbraio, F. / Rossi, M. / Pedone, C. / Manco, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: A SNAPSHOT OF THE TRANSITION STATE ANALOGUE OF A NOVEL THERMOPHILIC ESTERASE BELONGING TO THE SUBFAMILY OF MAMMALIAN HORMONE-SENSITIVE LIPASE
著者: DE SIMONE, G. / GALDIERO, S. / MANCO, G. / LANG, D. / ROSSI, M. / PEDONE, C.
履歴
登録2003年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年2月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_database_remark / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_ec ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYLESTERASE EST2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5572
ポリマ－34,2511
非ポリマー3071
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.193, 85.193, 103.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYLESTERASE EST2


分子量: 34250.820 Da / 分子数: 1 / 変異: R215L, M211S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
プラスミド: PT7-7SCII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIG1
#2: 化合物 ChemComp-HDS / 1-HEXADECANOSULFONIC ACID


分子量: 306.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: AMMONIUM SULPHATE, TRIS BUFFER, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MTris1reservoirpH8.5
320 mMphosphate1drop
44 %(v/v)acetonitrile1drop
50.015 mg/mlenzyme1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 17707 / % possible obs: 98.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 177515 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.426

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EVQ

1evq


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 789 4.5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.188 16467 94.1 %-
all-17707 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 19 253 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1372.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1p_hep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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