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- PDB-1lxi: Refinement of BMP7 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lxi
タイトルRefinement of BMP7 crystal structure
要素BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 7
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Cystine-knot growth factor / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / chorio-allantoic fusion / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process ...negative regulation of prostatic bud formation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / negative regulation of glomerular mesangial cell proliferation / mesenchymal cell apoptotic process involved in nephron morphogenesis / positive regulation of cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of hyaluranon cable assembly / chorio-allantoic fusion / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / embryonic skeletal joint morphogenesis / neural fold elevation formation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of epithelial cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / mesenchyme development / ameloblast differentiation / monocyte aggregation / mesenchymal cell differentiation / allantois development / mesonephros development / regulation of removal of superoxide radicals / BMP receptor binding / hindbrain development / pericardium morphogenesis / endocardial cushion formation / embryonic pattern specification / branching involved in salivary gland morphogenesis / pharyngeal system development / cellular response to BMP stimulus / heart trabecula morphogenesis / response to vitamin D / metanephros development / regulation of phosphorylation / negative regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cartilage development / ureteric bud development / embryonic limb morphogenesis / cardiac muscle tissue development / positive regulation of dendrite development / Molecules associated with elastic fibres / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / branching morphogenesis of an epithelial tube / negative regulation of Notch signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / cardiac septum morphogenesis / dendrite development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / mesoderm formation / negative regulation of cell cycle / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of neuron differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / ossification / neuron projection morphogenesis / axon guidance / skeletal system development / cytokine activity / growth factor activity / response to peptide hormone / negative regulation of neurogenesis / response to estradiol / heparin binding / cellular response to hypoxia / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Greenwald, J. / Groppe, J. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: The BMP7/ActRII Extracellular Domain Complex Provides New Insights into the Cooperative Nature of Receptor Assembly
著者: Greenwald, J. / Groppe, J. / Gray, P. / Wiater, E. / Kwiatkowski, W. / Vale, W. / Choe, S.
履歴
登録2002年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9212
ポリマ－15,7001
非ポリマー2211
水1,27971
1
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 7
ヘテロ分子

A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8424
ポリマ－31,3992
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area3170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.294, 101.294, 41.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x-y+1,-y+2,1/3-z

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要素

#1: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 7 / BMP7 / Osteogenic protein 1 / OP-1


分子量: 15699.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: DHFR- / 遺伝子: BMP7 / Cell (発現宿主): OVARY CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P18075
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% MPD, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
220 %MPD1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月1日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 15770 / Num. obs: 15770 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / Rsym value: 0.333 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 100 Å / % possible obs: 93.3 % / Num. measured all: 67831 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.333

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BMP

1bmp


解像度: 2→23.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.128 / SU ML: 0.119 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24449 795 5.1 %RANDOM
Rwork0.22788 ---
all0.22873 14892 --
obs0.22873 14892 92.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å2-0.64 Å20 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 14 71 913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.021872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4621.9491198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42431729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1573107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.50515139
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3060.3175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.3650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3890.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4090.568
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.120.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3090.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6670.510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6181.5528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.882859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0933344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5264.5339
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 66
Rwork0.265 1160
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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